部分法规制度内容相互抵触
受多种因素影响，在涉及军民融合事务中，部分军事法规规章同国家法律法规之间存在偏差甚至冲突。某些军事法规设置的制度自我封闭、自成体系，与合同法、仲裁法、政府采购法、产品质量法和《企业经营范围登记管理规定》等相关法律法规不统一、不配套。如《中华人民共和国私营企业暂行条例》《个人独资企业法》《合伙企业法》《公司法》等都明确规定企业不得从事军工行业。
而按照2010年《国务院关于鼓励和引导民间投资健康发展的若干意见》和2012年《关于鼓励和引导民间资本进入国防科技工业领域的实施意见》等规定坚持吸引和鼓励民间资本进入国防科技工业领域。此外，在国防科研生产的市场准入、许可证申请管理方面，存在军地两套不同的认证与资格审查体系和质量标准体系。
涉及军民融合纠纷解决的程序性法规较少
目前，在涉及军地民事纠纷的解决程序中，存在军事法院不能受理和地方法院与仲裁机构不敢受理的局面。按照2012年最高法院的相关司法解释，军事法院只管辖四类民事纠纷案件，不审理军民融合的相关民事纠纷。另外，地方法院或仲裁机构在审理或仲裁军地民事纠纷时，面临军队拥有国防司法豁免权，即使审判或仲裁后也无法执行判决或裁定的局面，这使得地方法院和仲裁机构不愿意受理军地民事纠纷。
当前，包括军民融合纠纷在内，军地民事纠纷基本都是通过调解或协商解决，但军民融合发展中的军地民事纠纷复杂多变，形式多样，如果其纠纷不能通过法律诉讼方式加以解决，不足以达到公平、公正和高效目的，也不符合市场经济是法治经济的本质要求。
“红头文件”多，法律规范少
现有军民融合的“红头文件”比较多，但政策文件无法起到法律规范的广泛性、长期性、稳定性和高效性的作用。相关法律规范比较少，以法规和部门规章为主，法律阶位较低，效能有限，统一协调性差，约束力不强，无法适应军民融合深度发展的需要。
同时，很多促进军民融合发展的条例规章和文件密级较高，难以公开，不利于民事主体参与国防和军队建设事务，难以有效维护自身合法利益，也使得规定的内容难以在实际工作中得到落实。
