可惜的是，解放军在当时一派胜利的气氛中，许多人只看到攻厦的成功，对渡海作战的种种困难未再认真研究。其实如仔细回顾一下，厦门战斗虽然取得了成功，也留下许多严重的教训。正如第三十一军1949年12月30日所总结的那样：“主要表现了对越海作战缺乏经验，对越海作战特点认识不足，盲目的经验主义思想指导，未能深刻地加以考虑分析研究，因此教条地接受兄弟部队用小船的经验，而将江船用于越海作战上，这是犯了经验主义，同时将我们渡江的经验搬到新的越海作战上来用，未能提出什么情况打什么仗。”“官僚主义，对下层指挥员的思想掌握不够，缺乏预见性，是麻木的满足于现状，只看形式上战士情绪很高，准备得很充足，即感觉无问题。”
由于存在这些思想问题，厦门作战从整体上看虽然成功，却也有局部受挫。参战的四个师同时发起战斗，只有从厦门北部登陆的第二十九军第八十五师一举突破成功，攻击厦门西北的一个师一度受挫，登陆厦门东北部的突击团因错失航向，许多船只陷入淤泥中，部队只得以重大代价徒涉上千米的泥沼地实行攻击。攻击部队因船只不很充足，所以需要航船多次往返，这在航程较近的情况下虽勉强可行，但船只在敌人炮火和飞机轰炸扫射中损失甚大。尤其值得引为教训的是，攻击鼓浪屿的一个师第一次登陆时，大部分船只被风吹回吹散，仅少数部队上岸，后援部队因风大无法增援，结果已上岛的部队孤军奋战，虽经英勇战斗，坚持到最后一人，仍无法挽回失利。这与10天后的金门失利很相似，只是损失的规模较小罢了。
厦门战斗中出现的这些危险，一方面是新环境下难以避免出现的新问题，一方面也是盲目骄傲自满造成的轻敌情绪的表现。正如叶飞后来总结的：“幸而克服了这个危险，顺利攻克厦门。好事往往变成坏事，我们因攻取厦门的胜利，而没有重视渡海作战中的困难，没有接受这个教训，结果在攻击金门中碰了钉子。”
