首先，在最高层，由总统和国防部长构成的最高指挥当局负责制定战略决策。国家安全委员会负责就国家安全问题向总统提供咨询。参联会由参联会主席、副主席、陆军参谋长、空军参谋长、海军作战部长、海军陆战队司令和国民警卫局局长等组成，是总统和国防部长的主要军事咨询和参谋机构，也是维系军政和军令系统正常运行的重要纽带。参联会主席是美国总统、国家安全委员会和国防部长的首席军事顾问，拥有美国武装力量军官的最高军衔，但没有作战指挥权。
第二，在中间层，联合作战司令部司令全权负责战役指挥。美军联合作战司令部由6大地区司令部（太平洋司令部、欧洲司令部、中央司令部、南方司令部、北方司令部）和3大职能司令部（战略司令部、运输司令部和特种作战司令部）构成，是美军全军战备活动的重心，也是其集成军种核心能力、处理军种竞争的主要组织平台。战时联合作战司令部司令通过参联会主席领受总统和国防部长下达的命令，对战区内所有部队全权实施指挥，并直接向最高指挥当局负责。
第三，在执行层，军种组成司令部负责战术实施。联合作战司令部下辖军种组成司令部，根据联合作战司令部司令下达的作战命令，执行作战计划，提供作战部队，遂行作战任务。
作为美军“作战指挥链”的核心，联合作战司令部的组织机构主要由司令部机关、下属联合作战司令部、军种组成部队司令部、临时或常设联合特遣队几个部分组成。
司令部机关主要由联合参谋部、直属单位及附属人员和设施组成。下属联合作战司令部，即联合作战司令部下辖的地区或职能司令部，例如太平洋司令部下辖的驻韩美军和驻日美军司令部，战略司令部下辖的网络司令部等。军种组成部队司令部，例如太平洋司令部下辖的太平洋舰队、太平洋空军司令部等。美军联合作战司令部通常使用临时或常设性的联合特遣队遂行战役战术任务，由在行动中起主要作用的军种部队指挥官担任联合特遣队指挥官，例如太平洋司令部下辖的第519联合特遣队和第510联合特遣队等。
