第二个机会在妈妈的乳汁中。
产妇的初乳里也是有先锋有益菌的，而且有每升10–15克的天然益生元可以使先锋有益菌迅速生长，占满生态位，不给条件致病菌太多立足之地。
第三个机会在妈妈的皮肤上。
产道、乳汁中的一些细菌会掉落在妈妈的皮肤上。因此，和妈妈的亲密接触也是宝宝获得有益肠道细菌的一个重要途径。
先锋有益菌就这样是从妈妈的产道，初乳和皮肤等部位第一时间进入新生儿肠道的。祖祖辈辈这么传下来，有益菌与人共同进化。不同的家族就有了最适合自己的有益菌。
当先锋有益菌占领肠道以后，会有少量兼性厌氧菌例如大肠杆菌进入，它们会迅速消耗氧气，使肠道成为厌氧环境。这时候，各类厌氧菌开始进入肠道定植，细菌种类越来越丰富。到断奶后，随着固体食物的增加，肠道细菌种类更加丰富，并且基本稳定下来，免疫系统会对这些细菌产生耐受，将其作为身体的一部分接受下来，形成了每个人特有的肠道菌群结构。到大约3岁时，菌群成熟，免疫系统也成熟，人体与菌群进入长期相持平衡的状态，维护人体的健康。
