拥有先进指挥控制体制，综合作战效果好
指挥关系健全顺畅
如上所述，日本BMD指挥控制系统由航空自卫队BMD指挥控制系统、海上自卫队BMD指挥控制系统、日美BMD联合作战指挥控制系统构成。其中，航空自卫队BMD指挥控制系统除负责对空基和陆基BMD系统的指挥控制之外，还负责整个日本BMD系统的指挥协调工作。这种指挥协调工作主要通过“日本空天防御地面环境”（JADGE）系统来实现。该系统与“宙斯盾”系统、“爱国者”PAC-3系统以及陆基预警雷达连接，能接收、共享美军预警卫星和前置型AN/TPY-2 X波段雷达的预警信息，还可与驻日美军的相应系统相连接，组成一个紧急联合管理系统。同时，该系统与日本中央指挥所相连，可保证日本最高当局在必要时能直接指挥防空反导作战。
指挥控制技术先进
一是通过“协同作战能力”（CEC）系统，实现海基BMD系统之间的协同作战。CEC系统是一个由软件和硬件共同组成的系统，主要由安装在舰队内各平台上的“联合交战处理机”（CEP）和“数据分配系统”（DDS）组成。该系统利用计算机、通信和网络等技术，把海基中段或末段拦截系统及各种BMD传感器联成网络，实现作战信息共享，统一协调作战行动。CEC系统不仅可用于海基“宙斯盾”系统，也可用于海基“宙斯盾”系统与陆基“爱国者”PAC-3统的融合。在CEC系统的协调下，日本即可由处于最佳位置的“宙斯盾”舰艇实施拦截, 从而提高了整个BMD系统的作战效能，也可将海基中段与末段拦截系统结合在一起，实施高低搭配、分层接力作战，以提高拦截成功率。在CEC系统中，“宙斯盾”舰载AN/SPY-1D（V）雷达是主要的海上传感器，而E-2C“鹰眼”等预警机则是关键的CEC机载雷达。
二是通过数据链，实现海基和陆基BMD系统内部和相互之间的信息交换。其中，日本海基BMD系统通过S-TADIL J数据链来达成通信，具体流程如下：日本海上自卫队司令部通过S-TADIL J数据链从预警卫星接收目标弹道导弹预警信息，并传给包括“宙斯盾”驱逐舰舰载AN/SPY-1D雷达在内跟踪监视网络，跟踪监视网络再通过S-TADIL J数据链向攻击网络传输目标参数，从而引导拦截弹实现对目标的精确打击。
日本“爱国者”反导系统由交战控制站（ECS）、AN/MPQ-253地基雷达及发射装置组成。其中，发射装置负责导弹的运输、保护和发射任务，它可以安装在离交战控制站和地基雷达1千米远的地方，通过数据链自动接收指挥。在“爱国者”导弹拦截作战过程中，通过“陆军战术-1号”（ATDL-1）数据链、Link-11（TADIL A）数据链、Link-11 B（TADIL B）数据链和Link-16（TADIL J）数据链等，可以实时获取来自陆海空等各种侦察、预警平台的空中预警信息，并将这些信息通过“爱国者”数据链（PADIL）传递至各导弹连和发射架。
