走下神坛
2011年6月，支付宝事件爆发。
这源于马云将支付宝的所有权转让给他控股的另一家中国内资公司，而阿里巴巴集团的大股东雅虎表示，马云并没有事先征得股东们同意。
国内外多数主流媒体在这次事件中评论马云是一个不守诚信、缺乏契约精神的人。此举也让本就风雨飘摇的中国概念股在国际资本市场受到牵连，至今仍未完全复苏。
在公众面前，那时的马云扮演了一个夹在政府管制和外资欺凌中的无奈角色。马云一直强调，支付宝股权转让是因为“央行明确规定，外资不能协议控制，必须上报。如果还坚持协议控制，就是知法犯法”。所以，基于对形势的判断，他决定终止协议控制，停止合并报表。结果是，马云不仅以此拿到了政府颁布的第一块支付牌照，同时，开始构建阿里小微金融集团之路。
有人评论，支付宝事件中的政府同样扮演了沉默的配角，成为了马云用来平衡利益和获得公众同情的工具。
马云曾说，阿里巴巴坚持的信念是只和政府谈恋爱，但不结婚。不管阿里巴巴发展多快，绝不与政府做生意。
支付宝事件后，马云和政府部门的关系日益微妙。一方面，他与国有资本越走越近，并在2012年接受了中投公司、博裕资本及国家开发银行的入股；马云还多次向政府部门示好，曾坚持按月将支付宝资金状况的报告上交给央行浙江分行。他甚至保证说，为了国家未来，阿里坚决不做游戏业务。2013年，马云接连被前后三任国务院主要领导接见。
另一方面，马云在金融业不断试探政府底线，并多次试图通过舆论向政府表态。其在余额宝推出之后接受了《人民日报》的采访，毫不客气地批评说：“靠今天这样的机制，我不相信能够支撑30年后中国所需要的金融体系。”
这种反复和两面性，同样体现在他面对股东时，以及与港交所的博弈中。
马云不断强调“客户第一，员工第二，股东第三”，暗示“来了又跑”的股东注定无法给公司创造价值。在谋求上市之际，他对一家内地媒体表示：“这世界上的钱有的是，我不相信找不到相信我们想法的钱。”
在与股东雅虎长达九年控制权之争过程中，作为一名公司CEO，马云关心个人控制力要胜于为股东创造财富。其对控制权的追求直接造成了阿里一度面临何处上市的困局。
马云充分明白香港证券市场对其的渴望，他一方面利用媒体向港交所施压，另一方面创造了一套合伙人制度希望让港交所接受。“没有一家上市公司比制度(程序)还要重要，但马云希望两全其美。”一位投资人说。自始至终，这名商业领袖都有着一套“马云式”的解决方法，世人看穿却无可奈何。
风波之下，2013年5月10日马云选择了退休。这是一个令人意外的战略部署，也让公众接触到了另一个马云。
2013年7月13日，香港《南华早报》发布了一篇专访文章，马云因专访中一段言论而卷入一场“非商业风波”，受到多方攻讦。阿里巴巴公关的声明也表达了自己的困惑：“对某些话题无意触及亦无应对经验，阿里巴巴深感无力。”
学者许知远对此发表评论称，马云的认知表明他和普通人一样，同样是公共价值上的矮人。“不管他们曾代表了多少荣耀，如今这荣耀都备显可疑。”
几天后，马云又被曝光与一名娱乐女星一起去拜访气功大师王林。公众将王林认定为一个江湖骗子，并对马云此举表示很失望。马云并不以为然，其在微博上回应说：“谁都有好奇心。”一名网友在下面评论说，信不信王林都不该受到指责，马云只是凡人，马云累了。
一位接近马云的人士透露，因为话说太多，马云会每年去四川道观“闭口禅”一个月左右，不说话。
在过去14年中，马云呈现给公众的是一个近乎“神人”的形象。和马化腾、李彦宏这类硅谷创业型企业家的形象不同，马云起点低、好斗、顽强、高调，他似乎是一个天生的生意人，浸淫在底层的商业环境中，眼光敏锐，对大势把握能力强。最重要的是，他非常善于利用经济和政治形势来塑造自己和公司的形象，从这点来说，他又像是一名传统的资本家。
一位阿里巴巴离职高管告诉《财经》记者，马云常年经受市场和政策环境的多变和不确定性，从这样的环境里塑造出来的人往往爱冒风险，有一种藐视风险的豪气。
马云曾经在一次采访中声称自己在1995年作为一个项目翻译赴美谈判。因谈判过程中发生争执，马云遭到对方持枪绑架。逃脱后，他去赌城赢了600美元，回到国内。
过去，谈及马云的好斗时人们会举出阿里对战Ebay(易趣)的经典案例。马云颠覆了西方电商以交易、付费为核心的准则，在中国市场实行对商户免费，并鼓励商户与消费者之间的私人交流，通过价格战一举将Ebay赶出中国，此举被认为是中国互联网对阵西方公司的第一个胜利。
现在的马云，是一个为了推广社交软件、号召阿里员工去“火烧南极”来追赶微信的嚣张形象。多数人并不理解——《华尔街日报》登出读者评论“马云你放弃思考了吗”，称马云通过绑架员工奖金强制推广业务的做法简直蠢极了。
2013年10月，马云甚至公开和一位前员工“约架”，他在阿里内网中一篇《内网信息泄露》的帖子下留言说：“见了那混蛋我一定揍他，他让阿里人的信任蒙上耻辱。”
马云还是马云，只是走到神坛之下，让公众看到他作为普通人的另一面。
一位浙江商人向《财经》记者描述说，在他的圈子里，商人们过去热衷于来杭州“朝圣”，他们最大的心愿就是可以在饭局中见到马云。现在大多浙商陷入了经济衰退之中，自顾不暇。
