在皮肤病治疗缺医少药的年代，蔡瑞康很早便意识到在官兵中普及皮肤病防治知识的重要性。刚毕业时，他急切盼望能用自身所学为身患皮肤病的战友解除病痛。来到空军总医院后，他更是一有空闲就来到空军驻京部队走访巡诊。他发现，当时皮肤病在军营的发病率并不高。这让在学生时代早知道湿疹和皮炎是官兵常见皮肤病的蔡瑞康大感疑惑。
上世纪60年代初的一段时间，驻京某部许多战士经常是在蔡瑞康值夜班时来找他看病。病症多以湿疹和皮炎为主，而且几乎都是在病痛已严重影响训练和生活时才来就诊。蔡瑞康不禁泛起嘀咕：“战士们为何总要拖倒现在才来看病，还都是在晚上？”一次，一名新战士道出了官兵的苦衷：“许多战友得了皮炎，相互也都知道，就是羞于出口，怕别人笑话，甚至被说成思想作风不好……”战士的苦衷使蔡瑞康很受触动。“战士们多可爱，我们有责任让他们远离疾病危害。”怀着强烈的责任感，蔡瑞康首先从改善官兵认识、倡导主动就医入手，深入部队宣讲皮肤病防治知识，为不少官兵卸下了思想包袱，解除了皮肤病痛。
改革开放后，一些腐朽思想给社会带来不良影响。一些年轻人向往灯红酒绿的生活，出没娱乐场所，有的只图一时之快，不幸染上性病，后悔莫及。面对性病防治的严峻形势，蔡瑞康敏锐地意识到，如不及时采取有力措施，性病的触角将会迅速伸向军营里血气方刚的年轻战友。
1995年，全军唯一的皮肤性病中心在空军总医院皮肤科挂牌。为使广大官兵认清性病危害，自觉抵拒不良诱惑，远离“雷区”威胁，蔡瑞康率先提出防治结合、以防为主的解决方案，受到总部领导高度重视。他首先组建性病、艾滋病实验室，积极研究性病诊断的新技术，率先对献血、招飞和征兵等特殊人群进行了性病、艾滋病病毒初筛检验。
在云南某部调查时，他听说该部一名退伍战士曾被诊断为艾滋病病毒带菌者，然而，由于此前检验技术落后，加上当初检验报告指数不全，蔡瑞康认为可能是误诊。为弄清真相，打消部队官兵和这位退伍战士的疑虑。蔡瑞康派专人千里远赴战士家乡，做通他的思想工作，采集血样，连夜赶回北京检验，最终排除了这位退伍战士患有艾滋病的可能性。
正是胸怀这种对官兵、对社会高度负责的精神，蔡瑞康带领医务人员历时半年多，从海南岛到云南瑞丽，相继完成了万余名官兵的抽样调查。形成了《皮肤病现场调查及分析、防治报告》等一系列成果。科学而行之有效的工作，斩断了性疾病伸向军营的触角，确保了官兵身心健康和部队的安全稳定。
