【自主神经系统】前几期的《周博士带您探秘大脑》中介绍了随意运动，这只是大脑控制身体的一部分。大脑还会发出许多指令，而这些指令并不是我们的意识所能控制的。比如，在电影院里，当光线变暗，电影里不断向观众发送刺激冲动，而观众会不自觉发生瞳孔扩大、口干舌燥。
这些反应是受到自主神经系统控制。此外，这个自主神经系统还操控着血压、消化道、激素分泌、膀胱、阴茎勃起和心率。从脊髓发出的神经支配着各自的器官，这不仅控制着随意运动，也同时控制着上述多样化的生物系统。
自主神经系统会保护我们免遭伤害，而这些却是潜移默化，无影无形于意识之外的。例如，当身体遭受攻击时，会导致肾上腺素和其他化学物质泵入血液中，刺激心脏和血液流动，最大限度提高身体和精神的警觉性。自主神经系统的其他部分（比如呼吸）会自己照顾自己，但是也能在一定程度上有意识的调整节奏和状态。
眼睛也可以自动调整，不论是瞳孔的缩小/扩大，还是聚焦。想象一下，如果这些过程都是要有意识完成，那么这是一个多么繁琐而又乏味的画面。为了调整进入视网膜光线的强度，我们的瞳孔会改变大小，就如同变换照相机的光圈以避免曝光过度或是不足。有趣的是，这种特殊的自主神经系统同时也是我们情绪状态的自然反应。不论是恐惧还是看到了亲人，我们的瞳孔都会自动地扩大。菲利普K迪克在其小说《仿生人会梦见电子羊吗？》（又叫“银翼杀手”）中，就是使用这种无意识的情绪反应来区分人类和仿生人。
【下丘脑】自主系统接受一系列相互关联的大脑结构控制，我们称其为中央自主网络，其中枢位于下丘脑。仅4克重，只有大脑总质量的0.3%，精灵小巧的下丘脑，浓缩就是精华，这是个非常非常重要的结构，在杏仁核、大脑皮层和脑干的帮助下，时时刻刻都在警惕地监控着身体的每一个地方。
下丘脑通过一套古老的生物规则来使我们的身体达到最佳的生理条件。假如我们的身体处于一个低糖低盐的状态，那么下丘脑就会启动觅食行动，让我们找到正确的食物。如果身体感到温度过高，下丘脑就会让我们出汗，并驱使更多的血液进入皮肤表面，同时让我们产生欲望进入树阴、泡在游泳池里。性冲动也归下丘脑所管辖。下丘脑的古老功能使得我们的原始祖先离水上岸、脱离黑暗。
