寨卡病毒在南美大规模传播，受影响较大的巴西等国还被密集出现的新生儿小头症病例困扰，两者的潜在关系看起来已很明显，但对研究人员来说，要完全确认两者关系还有很多谜题需要解答。目前看来，这一过程面临不小挑战。
世卫组织此前已表示，约四分之三的寨卡病毒感染者不会出现任何症状，不过在巴西等地密集出现的新生儿小头症病例增加被认为可能与寨卡病毒有关，世卫组织已宣布，这构成了“国际关注的突发公共卫生事件”。截至１月末，巴西已报告４７８３例疑似小头症或中枢神经系统发育畸形病例，其中确诊４０４例。
牛津大学教授彼得·霍比说，世卫组织这一决定有助促进各国加大对这一领域的科研投入，寨卡病毒与新生儿小头症的潜在关系对许多科研人员来说仍是未知领域，要解开这一谜团不可能一蹴而就，需要一定的时间和科研投入开。
《自然》杂志上的一篇文章说，目前能支持两者存在关系的证据主要包括两方面：巴西小头症病例数出现大幅上升的时间是政府确认当地发生寨卡病毒传播后６个月左右，这暗示胎儿可能在母亲体内就感染了病毒，最终导致出生后头部畸形；巴西研究人员在１５个患小头症的胎儿和婴儿的羊水、脑部或脊髓液中发现了寨卡病毒或病毒抗体的痕迹。
文章说，许多研究人员认为，仅有流行病学数据还无法明确证实这两者的关系，他们希望找到新证据解释寨卡病毒如何以及为什么会引起小头症，但这个过程短期内可能无法完成，一些研究人员认为，或许要数月甚至数年才能完全明确两者关系。
目前一些关键的疑点也还在困扰研究人员。例如很大一部分感染寨卡病毒的妇女最终还是生出了健康的婴儿，是什么特殊因素导致那一部分新生儿出现小头症？
甚至巴西新生儿小头症病例数到底有多少这一点也还存在一定争议。一个名为“拉美先天性畸形协作研究”的独立机构此前向《自然》杂志提供的报告就说，对这一病症的诊断标准定义很宽泛，目前报告的病例总数中可能存在很高比例的误诊病例，仅依靠现有的流行病学数据还无法对当前巴西新生儿小头症病例数增长规模进行准确评估，也很难确认这一病症与寨卡病毒感染的关系。
北爱尔兰大学流行病学家海伦·多尔克说，这份报告关于巴西小头症病例数增幅虚高的结论原则上有可能成立，但还需要收集更多的数据才能最终证实，她对其中一些观点仍持保留态度。
为科学地证实寨卡病毒与小头症的关系，国际科研团队需要开展病例对照研究、病毒基因测序以及针对病毒感染开发分子诊断检测技术等科研流程。目前，研究人员也在开发动物模型来分析寨卡病毒对动物造成的影响，比如它会感染体内哪些组织，胎儿脑部是否可能更容易受病毒影响等。
帝国理工学院学者娜塔莉·麦克德莫特说，明确了巴西小头症病例的确诊数量后，有必要利用动物模型来研究怀孕期间感染寨卡病毒会否对胎儿产生影响，而且这种影响在怀孕的哪个阶段出现。同时还需要调查那些感染者是否都生出小头症婴儿。
利物浦热带医学院教授路易斯·奎瓦斯强调了病例对照研究的重要性，指出通过将患小头症的新生儿和没有这一症状的婴儿进行对比，能建立最基本的科研信息框架，这是进一步研究的基础。
