南京军区福州总医院儿科是全军儿科疾病诊治中心、全军计划生育优生优育研究所骨干研究室之一。中心拥有福建省新生儿救护网络福州新生儿救护分中心和儿童肾脏病中心两个儿童专科中心。现有专业技术人员75名，其中专业技术高级职务11名、中级职务5名；博士后1名、博士4名、硕士7名。中心展开病床90张，分设儿童病房、儿童重症监护室(PICU)、新生儿病房和新生儿重症监护室(NICU)四个病区。中心设有儿科研究室、检查室和资料室；配备有呼吸机、床边血液净化机、过敏原检测仪、远红外线抢救台、电子保暖箱、蓝光治疗箱等医疗设备及自动照相显微镜、PCR仪等实验设备。
中心在儿童肾脏、儿童心血管、儿童消化、儿童神经、新生儿、儿童急救和儿童保健方面优势突出，每年收治住院患儿3500名左右，其中不少是从省内外医院转诊来的危重、疑难患儿。近年来，中心在国家或地区发生重大公共卫生突发事件（如手足口病爆发流行、三聚氰胺毒奶粉事件、甲型H1N1流感病毒爆发流行和儿童群体性蓖麻子中毒）时发挥了重要作用，及时地控制了疾病流行和挽救了患儿生命，为军事儿科学做出了贡献。
中心是儿科学博士研究生和硕士研究生联合培养点、福建省儿科住院医师规范化培训基地。现有博士研究生导师1名、硕士研究生导师4名。近5年来，年培养研究生4～6名。
中心近5年获得国家自然科学基金、国家科技支撑计划课题子课题、福建省自然科学基金、南京军区创新课题等6项省部级以上课题资助；先后在SCI收录期刊发表论文8篇，核心期刊发表论文120多篇；荣获军队、省部级以上科技奖二等奖3项、三等奖6项。
中心在全国、全军享有较高群体学术地位。现有三人担任《中华儿科杂志》编委。一个综合性医院儿科，三人同时担任《中华儿科杂志》编委，在国内同级医院儿科是唯一的；四人分别担任中华医学会儿科学分会心血管学组、消化学组、临床药理学组和肾脏学组委员，这在国内综合性医院儿科也是唯一的。中心是南京军区儿科学专业委员会主任委员单位，现有全军儿科学专业委员会顾问1名、常委1名，全军儿科专业委员会学组顾问3名、副组长3名、学组委员4名，福建省儿科学会副主任委员1名。
