学院在二十多年的发展过程中，经历了武警卫校、武警医专和武警医学院、武警后勤学院四个发展阶段。
武警卫校阶段（1984.06～1989.09）
武警部队重新组建初期，卫生技术干部严重缺编，且补给无源。为确保武警部队的战斗力和官兵的健康，经公安部批准，中国人民武装警察部队卫生学校（简称武警卫校）于1984年6月在北京诞生。学校编制为正师级，设训练部、政治部和校务部三个机关，编制皆为副师级。学校开设临床医学、护理、药剂、检验、影像五个专业，培训目标为中等医务人才，学制为2年。
学校在北京无校址，1988年下半年经武警总部批准在天津定点建校。
自1984年下半年始，学校采取“集中领导，分散办学”的方式，在条件较好的武警直辖市、省和自治区总队医院组建学员队，培训各个专业的学员。
学校校长为袁兆丰（副校长，主持工作），政治委员先后为为王梦贤（副政治委员，主持工作）、高俊。
武警医专阶段 （1989.09～1993.12）
1989年9月，经公安部批准，学校易名为武警医专，编制等级和领导机关不变。1990年6月，学校第一期基建工程竣工。1990年9月，迎来第一期集中办学的学员。自1991年8月始，学校开始与天津医学院联合培养本科生。
校长为魏继同，政治委员为高俊。
医学院阶段 （1993.12～2011.9）
1993年12月，经国家教委批准，武警医学院正式组建。学校编制等级不变，下设训练部、政治部和院务部，编制等级不变。1994年8月学院开始独立招收临床医学本科生，1997年6月通过国家教委对本科教学工作的合格评价，1998年开始与地方大学联合培养硕士研究生，1999年学院获得学士学位授予权，2000年3月原武警天津总队医院正式转隶为学院的附属医院。2000年5月经中央军委批准，学院编制由正师级调整为副军级，设训练部（正师级）、政治部（正师级）、院务部（副师级）、科研部（副师级）四个领导机关，另设基础部（副师级），组建临床医学系（副师级）、护理学系（副师级）、医技药学系（副师级）、卫生勤务学系（副师级），附属医院由正团级调整为正师级。2007年下半年学院落实新编制，撤销原医技药学系，新设预防医学系（副师级），研究生管理大队编制调整为副师级。2007年开始与地方大学联合培养博士研究生。
后勤学院院阶段 （2011.9～）
2011年9月3日，根据武警部队院校体制编制调整改革部署，武警医学院改建转型为武警后勤学院。武警后勤学院以武警医学院为主体，将武警工程学院后勤专业并入，将担负起后勤人才培训中心、后勤科技研发基地、面向部队服务窗口、应急保障机动力量的神圣使命，为建设现代化武警提供有力的人才和智力支持。
学院现任院长为李玉明，政治委员为张晓平。往届院长先后为魏继同、左铁锷、梁香华、杨希忠、雷志勇、王发强，往届政治委员先后为李庆安、叶松海、史国双。
