第三轮改革是2008年到2012年。充分汲取前两轮改革的经验教训，在“新面貌”改革中，坚决取消军种作战指挥权，把海军、空军中央指挥所并入总参谋部中央指挥所。同时，依托军区成立联合战略司令部，形成了“由总统和国防部长，到总参谋长，再到联合战略司令部或职能司令部，最后到军兵种部队”的作战指挥链。
这一轮改革，对俄军后来的联合作战指挥体制，起到了决定性作用，战区联合作战指挥体制基本上得以确立。地区性军事行动全部由战区司令部负责，战区司令部直接指挥各军种战役（舰队是战略战役）司令部实施作战，总参谋部负责总体领导，但不直接干预作战指挥，指挥链大为缩短。
外界普遍认为，俄军这次改革之所以取得明显进展，是由于俄军在格鲁吉亚战争中表现得不尽如人意，受到了来自军内外的巨大压力。同时，还有一个原因是俄最高当局的强力主导。
为了保证改革的顺利进行，面对重重阻力，时任俄总统梅德韦杰夫和国防部长谢尔久科夫毫不妥协，强行将军种中央指挥所并入总参谋部，军种总司令退出作战指挥链，才建立了以联合战略司令部为重心的战区联合作战指挥体制。
在改革过程中，时任俄空军总司令泽林和海军总司令维索茨基坚决反对取消军种指挥权，即使是在国防部做出决议后，二者仍通过接受采访等方式表达不满。为巩固改革成果、确保军种顺利交权，俄最高领导甚至同时解除了两人的总司令职务，有力地震慑了改革的反对者。
目前，俄军已经形成了国家和战区两级联合作战指挥体系。国家级联合作战指挥机构，是由俄总统、国防部长、总参谋长和总参谋部构成。总统在国防部长的协助下，依托总参谋部指挥国家层级的联合作战以及核打击力量、空天军、空降兵作战。
战区级联合作战指挥机构包括东部、西部、南部和中部4个联合战略司令部，主要负责指挥辖区内各军种的联合作战。根据战略形势的变化，2014年底俄又组建了北极联合战略司令部，主要负责北极方向的联合作战。
俄军联合作战指挥体制改革的特点也非常鲜明，主要体现在三个方面：
一是始终在国家和军队最高当局的关注和指导下推动改革。通过颁布总统令、国防部长训令等方式，力排众议、破除阻力，保证改革进程。
二是既吸纳借鉴美军的经验，又充分考虑国情、军情和自身特点，保留了自己的军事传统。主要是通过调整、改造总参谋部体制和军区体制来建立联合作战指挥体系。俄罗斯军事科学院院长加列耶夫大将说：“从战略角度看，俄罗斯与美国截然不同，俄罗斯不打算在遥远的海外地区作战，所以，照搬适应海外作战的美军体制是盲目的做法。”
三是坚持总参放权、军种让权，强化战区的联合作战指挥权。现在，有一种看法认为俄军改革论证不充分，仓促上马，过于激进，导致改革出现了反复。其实，对这个问题要两面看。这方面的教训确实值得汲取，但俄高层的改革魄力和勇于决断，是值得肯定的。
纵观俄军的改革，无疑是在一种巨大的外部压力推动下进行的。俄军最初改革的动因，是在苏联解体、两极体制终结这场大震荡后，整个国家全面转型和北约东扩的大背景下，俄罗斯失去了苏联的超级大国地位，安全环境急剧恶化，军队的使命发生了战略性的变化。
正如普京在《千年之交的俄罗斯》中所说：“俄罗斯正处于其数百年来最困难的一个时期。这是俄罗斯近200～300年来首次真正面临沦为世界二流国家，抑或三流国家的危险。”俄军必须对整体的国防建设进行全新的思考，并对自身进行脱胎换骨的改造。
当前俄军在叙利亚成功进行的军事行动充分证明了改革的必要性。此次行动之果断迅速、打击效果之明显，同两场车臣战争和俄格战争形成鲜明对比。其关键原因在于俄军通过“新面貌”改革打造了一支精干高效的现代化军队，构建了快速灵活的联合作战指挥体制，具备了较高的快速反应和联合作战能力。
