它所装备的ATFLIR先进前视红外吊舱，该吊舱采用第三代的红外凝视焦平面成像技术，可以提供导航、目标指示功能，并配备有激光目标指示器。海军还在1999年开始为双座型的F/A-18F开发共享侦察吊舱（SHARP），希望用装备这种吊舱的F/A-18F来取代如今装备TARPS的F-14飞机，使之具备战术侦察能力。该系统使用光电和红外传感器，允许F/A-18F在斜向距离83KM的距离上搜集图像并通过数据链传输给地面。该吊舱还可以接受APG73雷达的合成孔径数据。使飞机可以在夜间超低空突防。座舱增加了1个触摸显示器和1个新的油料显示器，并使用了超高速集成电路计算机；把座舱三个显示器全部改为彩色液晶显示器；加装了夜间低空导航和红外瞄准系统；还可以携带多种战术吊舱。两个机舱机身挂点，用于携带传感器舱，全天候、空对空雷达和一个控制系统，用于精确发射传统或制导武器，一个中心线挂点，用于携带额外的燃料或空对地武器。其中包括雷神公司新研制的ATFLIR先进前视红外吊舱。
经过改进，F/A-18E/F的作战能力有了较大的提高，机动性基本保持不变，9000米以上的爬升和加速能力稍有下降。最大过载从9G降低到7G，会降低瞬间盘旋能力，在保持足够的敏捷性配合上头盔显示器和大离轴发射的AIM9X导弹，可以保持近距空战性能。
第1架E/F型机于1995年12月首飞。海军计划至少采购548架，但是2002年美国防部建议仅采购460架。
