1938年9月武汉告急，根据形势的变化和需要，中共中央召开六届六中全会，决定撤销长江局，成立南方局。武汉失守后，中共人员分别经宜昌、长沙、桂林等地辗转来到重庆。
1939年1月南方局正式在渝成立，对外称之为第十八集团军驻渝办事处，主管川、云、贵、鄂、湘、粤、桂、苏、赣、闽等省及港澳地区的中共组织，延安方面的指示通过电波传到这里，又通过这里在广大国统区贯彻。
鉴于机要任务加重，周恩来和李克农两次派人去香港买回大批器材，组装了数十部电台，除在重庆自留8部外，其余分送延安和各地，在天空中架设了一条条看不见的桥梁网络。
许多动人心弦的故事，就发生在这些日子里。
周恩来临变不惊
中共中央南方局的秘密电台网，是在周恩来的直接领导和关怀下，从无到有、从少到多，逐步建立和发展起来的。
南方局的前身叫中共长江局，1937年9月在汉口建立时，只有1部从延安带去的发报机，时刻担心出故障，联络工作脆弱。周恩来下决心要解决这个问题，当时经费虽然很困难，但只要是申请购买通讯器材，他都立即批准。这样，由熟悉业务的干部申光通过熟人关系在汉口买到一批通讯器材，又组装了2部，得以维持正常通讯。但从长远考虑，电台还是实在太少。
随着战局的进展，各地方党组织和游击队传递情报愈加困难，纷纷要求配备电台，而在汉口靠买零配件组装根本无法满足。于是，周恩来和李克农遂派申光携带数万港币去香港，相机购买无线电器材。
香港是自由贸易区，什么都能买到，惟不易通过海关检查，申光此去虽然购到一批器材，却苦于无法运回内地。幸而德高望重的宋庆龄正在香港，中共地下党负责人廖承志上门求助，她毅然承诺视为己任，召其弟宋子良去九龙海关打点，获得“免予上税、立即放行”的特殊关照，顺利启运。
1941年1月11晚，山城重庆万家灯火，周恩来正在参加《新华日报》成立三周年纪念会，南方局机要科突然收到一封标志为“AAA”的万万火急的电报，发报者为新四军军部。译出后立即送到周恩来手中，原来这是受到国民党顽固派围攻的新四军在弹尽粮绝时发出的告别电，说明他们已遭不测。
周恩来看过电报满腔悲愤，当即在大会上宣布了这件事。他正在讲话，附近有人捣鬼，电灯突然熄灭了，他不仅没有中断讲话，反而用更加洪亮的声音说：“黑暗是暂时的，光明一定会到来！”他的这番话，使到会同志受到极大的鼓舞。
就在当晚，南方局领导召开了紧急会议，布置了各种应急措施，其中最要紧的是部署二、三线电台，万一国民党当局查封了公开电台，后备的即可接替。此后又联系香港密秘电台，指示廖承志在香港公布“皖南事变”的真相，向国际社会表明，中共坚持团结抗战的方针绝不改变，但对反共军事进攻不能不有所戒备。中共不愿由此发生大规模内战，如果内战挑衅者酝酿更大阴谋，使日本坐收渔利，则中国抗战前途岌岌可危，望国际人士共挽危局。
1月17日夜里，周恩来召集南方局和八路军驻渝办事处的全体人员开会。他表情凝重地说：“我们不希望国共合作的局面全面破裂，但一定要作最坏的准备。如果顽固派搞突然袭击，我们抵抗一下，把密码和文件毁完了，就准备坐牢。要坐牢我们一起坐，他们要问你们是不是共产党员，男同志可以承认，因为我们是共产党的公开机关。女同志只承认是家属。要问党的组织情况，就说我们的中央在延安，主席是毛泽东，这里有支部，书记是周恩来。再问还有哪些负责人，就说有董必武、邓颖超，别的不知道，让他们去问支部书记周恩来。如果出现这种情况，我要出面去交涉，我是国民党和蒋介石请来的。我们要争取全师而回，但也要作最坏的打算，要准备牺牲，要牺牲我们一块儿牺牲。”
“皖南事变”后局势紧张，中共中央来电指出：“恩来、剑英、必武、颖超及办事处、报馆重要干部于最短期离渝。”并要求销毁文件、密码、电稿等。为防止国民党当局袭击，南方局命令机要科将办事处和《新华日报》全体员工名单电告延安，以便有人被捕时，中共方面能据此交涉。
周恩来还提出“隐蔽精干”的策略，将一批陪都文化界进步人士送往香港或外地，同时也疏散了一批党内干部，对留在重庆的工作人员则进行气节教育。
南方局在重庆设有8部电台，其中3部是公开的，已向国民党当局登记备案。另有5部为秘密的，其中2部设在红岩村办事处三楼，联络对象为延安、雅安；1部设在红岩村俱乐部楼上，与延安试通后备用。其余2部为流动性质，先后分设在市郊黄沙溪、市内中国工矿银行办公楼上，联络对象为延安。时局最严峻时，仍有4名报务员在红岩村坚持收发报，片刻不停地向党中央通报重庆的情况。
1943年5月苏共宣布解散共产国际，国民党顽固派乘机提出“取消陕甘宁边区”“解散共产党”，并密令胡宗南部准备进攻延安。同年9月，国民党军警强行封闭红岩村的公开大电台，说是今后只能通过军政部电台收发报，意在切断红色电波。
共产党有共产党的办法。从此以后，南方局机要科常常派人将国民党报纸上的新闻、社论用一般密码发往延安，或是每天随心所欲地写上几百字的假电文，盖上领导人的私章，密封后送交国民党军政部、邮政局电台发往延安。延安收到这类电报扔到一边就不管了，只有国民党的“译电专家”还在冥思苦想，企图从中搞出点名堂。真正重要的文件和消息，则由架设在红岩村三楼的5瓦小电台拍发，编码缜密，尽管国民党军统局常年监听，但一次也未能破译。
