关于领导机构的调整。领导机构是执行路线的保证。为了贯彻落实遵义会议确定的正确路线，中央对领导机构进行了调整。这次调整采取了“渐进”的方式进行，以避免一次性大调整可能引起的干部思想波动。这是遵义会议“尾声”的一个很重要的内容。遵义会议后政治局常委分工时，决定毛泽东为周恩来在军事指挥上的帮助者（会上决定周为中央军事指挥下最后决心的负责人）。以中革军委或朱德名义发出的行军作战命令，均经毛泽东看过后，最后由周恩来签发。2月5日，政治局常委决定由张闻天代替博古作党中央的总负责人。3月4日，中革军委为加强作战指挥，组成前敌司令部，朱德为司令，毛泽东为政治委员。3月12日，中共中央鉴于军情瞬息万变，会多误事，根据毛泽东的提议，决定成立“三人团”，由周恩来、毛泽东、王稼祥组成，以周恩来为团长，全权指挥战事。至此，中央领导机构的调整基本完成，毛泽东的领导地位和中央的正确路线得到确立。
关于统一思想认识。在遵义会议上，两种思想的斗争很激烈。博古、李德拒不承认军事路线错误，强调客观原因，进行种种狡辩。特别是李德火冒三丈，怨气冲天，说自己只是“顾问”，现在却把责任全归到自己身上，他坚不接受对他的批评。政治局候补委员凯丰等紧跟博古，会前暗中拉拢人，会上讽刺挖苦毛泽东军事指挥不高明，是靠《三国演义》和《孙子兵法》打仗。毛泽东予以反驳。中央清醒地认识到，会后必须继续做这些人的工作，争取真正思想统一，改变以往“残酷斗争，无情打击”的错误做法。10月10日，在扎西召开的中央纵队干部会议上，人们指名道姓地批评凯丰和李维汉，摆事实，讲道理，心平气和。他们二人作了真诚的自我批评，会场气氛甚为活跃。后来凯丰回忆说：在遵义会议上我坚持了错误方向，会后顶牛顶了两个月，经中央批评帮助，才认识了自己的错误。此后，凯丰的思想统一到中央正确路线上来，一直担任党的宣传领导工作。李维汉则担任了中国工农红军总政治部地方工作部部长、中央纵队负责人，在新的中央领导下努力工作着。对于博古，也坚持团结、批评、帮助的方针，他不指挥军队了，不负党的总责了，但仍是政治局常委，依然参与讨论党在长征中的一切重大问题。即使对国际派来的军事顾问李德也没有歧视，不仅有些军事会议让他列席，而且1935年9月，还让他担任红军编制委员会主任，委员有叶剑英、邓发、李维汉等，负责研究部队的整编问题。毛泽东制定的“团结和帮助犯错误干部”方针，和中央所做的大量思想工作，产生了积极效果。
