胃肠炎需要根据病因进行相应的治疗，由消化不良引起的急性胃肠炎，可通过饮食调节菌群，或者给予调节肠道菌群的药物治疗，常用蒙脱石散、妈咪爱（调节肠道菌群，腹泻可以止泻，便秘可以通便）。气候原因引起的，及时增减衣物，注意腹部保暖即可。只有明确是由细菌感染引起或者是继发细菌感染的胃肠炎，才需要使用抗菌药物进行治疗。不是由细菌感染引起的胃肠炎，建议妈妈们不要给宝宝使用抗菌药物。抗菌药物使用不当可进一步破坏肠道菌群，容易加重腹泻症状，同时抗菌药物多对胃肠道有刺激、胃粘膜破损，造成肠道细菌对胃肠的侵犯，继发细菌感染。
