眼科，是医院在建院初创立的，集医疗、科研和教学一体的特色科室。数十年来，在历任科主任及医护人员的不懈努力下，不断发展壮大。2004年5月，眼科在原来基础上扩建并成立了眼科中心，新引进了一整套具有国际先进水准的高科技医疗设备，其中包括现代先进的手术显微镜，超声乳化仪，玻璃体切割机，鹰视酷眼准分子激光仪，角膜地形图，综合验光仪，眼科A/B超，全自动视野计，角膜内皮计，眼前段、眼底照相系统，眼底造影，眼底激光机、OCT检查仪、YAG激光机等，拥有完善的眼科检查和治疗设备。同时科室还不断加强医疗队伍的建设，建立一支以老专家、博士、硕士组成的新一代的专家团队，其中高级技术职称6人，博士3人，硕士生5人，在职攻读硕士学位1人。在全科同志的共同努力下，使科室突破瓶颈，进入高速发展的阶段。在短短几年时间内，各个专业都取得了长足的进步和发展，现已发展成为设备最齐全、技术力量雄厚专科之一。
目前眼科中心建有眼视光、白内障、青光眼、眼底病、眼外伤、角膜病、眼整形及泪道疾病等多个专科学组，开展近视个性化矫正、非球面调整的Lasik、Lasek手术，白内障微创超声乳化，玻璃体切割、复杂视网膜脱离复位，高危角膜移植及眼外伤、青光眼、斜视矫正、美容整形、眼底激光等多个专科手术科目。近几年来，新增加疑难眼病专家门诊，斜弱视诊治，PDT治疗脉络膜新生血管，早产儿视网膜疾病筛查；开展医学综合验光、配镜，角膜塑形镜及RGP验配，干眼病的诊治等；在疑难玻璃体视网膜疾病的诊治方面上了一个新台阶，为不少患者挽救了视力，填补了我院的空白。目前，眼科中心年门诊量已超过36000人次，年收治病人约1500多人次，其中以白内障、青光眼、复杂眼底病、高危角膜、眼外伤等病例为主，并不断开展新业务、新技术，扩大手术范围，年实施住院及门诊各类手术2500多人次；年白内障手术量超过1000多台；年玻切手术量超过350多台；年角膜移植约80台；年准分子激光近视手术量近1500只眼；各方面临床指标都创历史新高，经济效益翻了几翻，部分诊疗项目已达国内先进水平，为眼科今后的健康发展奠定了坚实的基础。科室除完成大量临床工作外，还积极承担眼科学科研项目，并先后获省科技成果二等奖一项，军队科技成果三等奖一项，军队医疗成果三等奖二项，全国医药卫生优秀成果一等奖一项。承担省青年人才项目一项，军区科技创新基金课题一项，院内课题三项，参与省社会发展重点项目课题一项，2005年科室被评为科技工作先进单位。今年我科又申报省自然科学基金课题2项；省重点课题1项；院内课题3项。此外，中心还担任第二军医大学、福建医科大学、福建医科大学眼视光系等多所大学的教学及临床实习任务，教学严谨，多位医师被评为优秀教师。科室2006年被评为先进党支部；2007年被评为基层建设先进单位；2009年被评为先进科室；2010年被评为先进带教科室；2011年被评为先进党支部。
科室不断提高自身医疗服务水平，每年拟定医务人员培训计划，派送医生、技术人员出国或去省外专科医院进行培训、深造，积极参加国内、省内各项学术活动，与北京、上海、广州、温州的眼科专科医院进行广泛学术交流，长期聘请省内老专家定期进行学术讲座，进一步提高医护人员的整体素质及业务水平。中心曾先后成功举办了福建省首届眼科发展论坛、眼底外科新进展等学术会议。在加强同行业学习交流的同时，也促进科室医务人员医疗水平的提高。此外，中心还积极参与社会公益和慈善事业，曾先后为抗日老英雄、孤寡老人的白内障患者提供免费手术治疗；数次为贫困乡镇的白内障患者进行义诊并实施扶贫手术；多次组织下乡、进社区、进校园等义诊活动，以及进行爱眼护眼科普讲座，获得社会各界人士的好评和认可，提升了我院的学术地位及影响力。
