西南医院药学部前身先后称为药房、药局、药材科、药剂科。同医院共同成长发展、风雨同舟走过了80年，药学部注重以药学服务为特色建科，历经几代人的辛勤奋斗,发展为集药品采购供应、制剂生产及质量控制、临床药学和教学科研于一体的综合单位。现有专业技术人员130余名，包括4名博士、20名硕士、52名本科生；正高级职称4名、副高级职称8名、中级职称22名、药师76名。现为卫生部临床药师培训基地、军队和国家药物临床试验基地。药剂学和药物分析专业硕士、药理学专业博士授权点。是一个四次荣立集体三等功，连续十五年被评为校先进单位的技术职能科室。
药学部下设3部10室，分别为调剂部（门诊药房、住院药房、综合药房、药品库房）；制剂部（普通制剂室、中药制剂室、药检室）； 临床药理基地（临床药学、临床药理Ι期试验室、实验室）。2008年药房处方调剂120余万张、金额7.7亿元，2009年预计超过10亿元；制剂室现生产标准和非标制剂共114个品种，2008年制剂产量为850万元，2009年预计达到1000万元。临床药学方面建立健全了临床药师制度，参与临床药物治疗、指导安全合理用药。积极进行药物不良反应监测，年均上报国家药物不良反应监测中心报告1000例次。提供门诊用药咨询服务，并定期出版药讯。常规开展地高辛、苯妥英、丙戊酸、卡马西平、环孢A、FK506、西罗莫司和茶碱浓度测定，年测定样本2000余人次；开展医院环境细菌耐药监测和临床细菌耐药性评估，年检测样本5000余份；年承接药物临床试验近100项。同时积极开展中、西药新剂型、新制剂的研究，并向新药研究方向努力。
药学部历来重视学科建设和人才培养，制定了学科建设“十五”规划、制定了申请课题、发表科研论文、获科技奖励的科室奖励办法，鼓励科室人员参加各类学术活动和学术交流。近年来投入科研建设的经费约500万元，拥有HPLC-MS/MS 1台、HPLC 5台、UV 1台、HPCE 1台、薄层扫描仪1台、TDX 2台、凝胶成像系统1套、PCR扩增仪1台、细菌多点接种仪1台、喷雾干燥仪1台等研究设备，科研设备总值达600万元。承担“973”“863”专题各1项、国家自然科学基金3项、国家重大新药创制专项3项，其他省部级课题10余项、院企合作课题1项。科研总经费计1500余万元。获重庆市科技进步二等奖、军队医疗成果二等奖各1项。出版专著3部、共发表包括SCI论文等科研论文200余篇。设立第三军医大学药剂学教研室与临床药学教研室，承担第三军医大学药学专业本科生药剂学、药事管理学、药物治疗学、临床药理学的授课任务；承担实习生、进修生和研究生的带教工作，近5年共完成220名实习生的带教任务，接收进修生20名。
药学部将紧紧围绕“以病人为中心”的宗旨，开拓创新，继往开来，为实现西南医院“建一流名院,做行业典范”的目标而努力奋斗！
