西南医院耳鼻咽喉科历史悠久，经过几代学者的不懈努力，现已形成具有自身特色的学术团队。“十五”以来学科发展迈上了更高的台阶,获得博士、硕士授予权，拥有高、中、初级职称人才共50余人，形成了一支素质高、专业能力强、以中青年技术骨干为主的医疗学术梯队，多次被医院、学校评为优秀科室，先进党支部。
科室设置2个病区，61张床位，设有咽喉组、耳科组、鼻科组。年门诊量5万余人，年手术量2000余台，各种专业诊疗设备价值1000余万元，诊治患者来自全国各地，已接受来自全国各地的进修医师百余名，培养了大批耳鼻咽喉科学人才。科室全面开展了耳鼻咽喉-头颈外科疾病的诊断和治疗工作，其中多项医疗技术在国内、军内、地区具有领先水平。
目前，科室分为几个亚学科，各有重点与特色：
耳科学方面：在重庆地区最先、最多地开展了人工电子耳蜗植入术；尤其在慢性中耳炎的手术治疗、听力损失重建、耳硬化症、先天性小耳畸形手术方面具有较高水平；拥有国际标准的各种听力学检查环境、设备，开展了助听器的专业验配。
鼻科学方面：以鼻内镜为特色，广泛开展了对慢性鼻－鼻窦炎外科治疗、鼻腔鼻窦良恶性肿瘤切除术、鼻眼、鼻脑相关疾病治疗，目前已完成数千例，颇受患者好评。
咽喉头颈外科方面：开展了以喉显微激光为特色的系列手术，尤其在咽喉良性增生性病变切除术、早期喉癌切除术、喉狭窄成形术上颇具优势，在咽喉癌外科治疗上具有较高水平。对阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征的外科手术治疗，我科独具特色，取得了较好疗效。在颅底外科方面对前颅底和侧颅底肿瘤等疾病的诊断和治疗有较高水平。
科室承担了专科、本科、硕士、博士、进修生各个层次的教学任务。主办或承办了全国鼻内镜学习班、全国耳鼻咽喉头颈外科会议、“耳聪工程”等各种会议。同时或先后承担了国家自然科学基金、重庆市科研课题、军医大学校科研基金、医院院管课题等多项项目，以内耳血迷路屏障的研究为科研中心，取得了阶段性成果。在统计源期刊发表论文百余篇。
