西南医院神经外科，为西南地区唯一的神经外科学国家重点学科、全军神经外科研究所及唯一的神经外科学军队医学重点实验室和军队后勤重点实验室、军队首批研究型学科建设试点单位、重庆市重点学科。是临床医学博士后流动站站内学科，博士、硕士授予权学科，国家神经外科专科医师培训基地。
现展开床位160张，由3个普通病区（床位130张）、1个神经重症监护室(床位30张)、胶质瘤治疗中心、脑血管病诊治中心、脑磁图与癫痫诊治中心、高压氧治疗中心组成；年收治颅脑与脊髓创伤、脑与脊髓肿瘤、脑血管病、癫痫、脑积水、新生儿脑与脊髓膨出、三叉神经痛、面肌痉挛、糖尿病足、老年性痴呆、帕金森病等病人4000余人次，年手术2000余台次，是中国西部地区最大的神经外科专科中心之一。
科室现有工作人员156人，医疗系列40人，研究系列1人，其中教授7人，副教授8人，博士导师4名，硕士导师5人，博士后2名、博士16名，主系列人员均已研究生化，多数人员具有出国学习经历。科室现有12人分别担任中华医学会神经外科分会委员、重庆市医学会神经外科分会主任委员等全国性学术组织的常委或委员，28人次担任国内外各种期刊副主编、常委、编委及审稿人，是西部地区担任各级学术任职最多的学科。拥有西部地区唯一的脑磁图仪、神经影像导航系统、视频网络脑电系统、术中神经电生理监护系统、亚洲最大的高低压氧舱群、荧光手术显微镜、脑内窥镜等国际顶级的医教研仪器设备，总价值近1亿元，是我国综合性医院装备最好的神经外科专科中心。本学科在颅脑及脊髓损伤、脑肿瘤、脊髓肿瘤、脑血管病、癫痫、脑积水、帕金森病、三叉神经痛、面肌痉挛、脑瘫、脑或脊髓脊膜膨出、糖尿病神经病变等神经系统疾病微创外科治疗方面处于国内先进水平。
十一五以来西南医院神经外科以第一完成单位在神经系统创伤救治方面获国家科技进步二等奖1项（2010）及军队科技进步一等奖1项（2009），在脑血管病诊治方面获军队医疗成果一等奖1项（2012），在神经系统肿瘤微创治疗方面获重庆市科技进步一等奖1项（2010），在脑铁代谢与脑铁转运方面获重庆市自然科学一等奖1项（2012），另获军队及省部级二等奖6项，军队及省部级三等奖8项，参与获得国家科技进步一等奖1项、二等奖2项，军队科技进步一等奖2项，是国内同类学科获得高等级科技成果最多的学科；主编专著4部，参编学术专著30余部。发表科研论文600余篇，其中SCI、EI等收录期刊88篇（其中IF>5.0的11篇），是国内同类学科在国际期刊发表论文最多的学科之一；承担国家、军队及省部级科研项目共计60余项，科研经费4000余万元，其中国家自然科学基金30项，是国内同类学科科研项目及科研经费最多的学科之一。承办了第一、二、三、四届重庆国际脑血管外科及脑血管痉挛学术会议、全军第十一届、第十七届神经外科学术会议、第二届世界华人神经外科学术会、第十届国际脑血管痉挛会议等大型学术会议8次，参会代表5000余人次，境外代表400余人次。
举办国家及军队继续教育学习班13次。先后培养博士后2名、博士研究生23名、硕士研究生56名、军队及地方医院进修生400余名，博士研究生在读期间均发表SCI论文。2010年科室全职引进了“何梁何利奖”（2009年）获得者原香港理工大学钱忠明教授，钱教授共发表论文 235 篇，其中SCI论文 131篇，影响因子IF>5的35篇，总影响因子IF> 480，他引总次数超过2800次。
荣立集体三等功2次，个人二等功2人次，个人三等功9人次，获中国人民解放军总后勤部科技银星1人，全军院校育才银奖1人，军队专业技术岗位津贴2人，重庆市突出贡献中青年专家1人，重庆市抗旱救灾先进个人1人，“十一五”全军科技工作先进个人1人，“十一五”军队医学科技重大成果奖2项，第八届全军优秀教材奖1人，重庆市医学会学术成就奖1人，世界华人神经外科杰出贡献奖1人。
科室总护士长鲜继淑获得第42界国际南丁格尔奖及2009年重庆市争光贡献奖，是重庆市护理界唯一获得上述殊荣的护士。2010年西南医院神经外科获重庆市十大杰出青年团体。2012年科室获批全军研究型医院建设研究型学科建设单位，多次代表第三军医大学在总后卫生部组织的全军研究型医院建设研训班授课介绍学科发展经验。
