西南医院内分泌代谢病科始建于1980年，在此后30来年的建设中逐渐发展成为一个技术力量雄厚，学术梯队合理，集医疗、教学、科研、实验室为一体的临床学科。是一支具有高科研层次 高临床技术 高临床带教水平的医疗队伍，现为博士学位授予学科、临床药理基地，床位80余张，拥有包括eZscan糖尿病风险评估预警系统，血液流变学分析仪，美国、韩国及国产胰岛素泵总计14台，美国、韩国动态血糖4台，亨得利糖尿病足诊断工具箱，四肢多普勒、经皮氧分压、糖尿病足超声清创刀、空气波治疗仪、糖尿病足负压吸引系统，Luner及Challenger双光子骨密度检测仪（为西南地区第一台），U-2000型低频脉冲电磁波骨质疏松治疗仪等一系列先进的诊断治疗设备，为重庆市规模最大的内分泌代谢病专科之一。于2005授予“糖尿病足诊治中心”，建立了专门的糖尿病足工作室，获得多项基金资助，率先在西南地区开展自体骨髓干细胞移植治疗糖尿病足的研究。并于2001年由内分泌科牵头，联合全国10余家教学医院开展2型糖尿病及其并发症的大规模，多中心，随机双盲对照的前瞻性临床研究，获得国家十五科技攻关项目经费360万元及“十一五支撑课题”经费30万元资助，迄今已历时8年。
内分泌科分为门诊就诊区、住院部和治疗检查区三个部分。占地5000平方米，开设病床80余张，可以满足不同层次病人的需要。年门诊量达51035人次，年收治住院病人2313人，医疗综合指标居国内各大医院内分泌科前列，内分泌科完成国际交流合作项目1项，承担国家科技部“十五攻关课题”1项，国家科技部“十一五支撑课题”1项，全国教育十五规划军队重点课题2项，6项国家自然科学基金课题，国家和军队博士后科学基金各1项，2项国家重点实验室开放课题，1项重庆市自然科学基金，5项校院级科研基金，军队科技进步二等奖1项、三等奖2项，军队医疗成果奖二等奖1项，第三军医大学新业务新技术二级甲等奖1项。 内分泌代谢病科技术力量雄厚，人才结构合理，现有工作人员30多名。在医疗主系列中，80%以上为硕士及其以上学历，教授、主任医师2名，副教授、副主任医师4名，中级职称7名。在护理系列中，100%具有大专以上学历，其中2名本科，1名主管护师，5名护师。 科室特色：1.自体骨髓干细胞移植治疗糖尿病足；2.骨质疏松的诊治；3.糖尿病及其慢性并发症的诊治；4.甲状腺疾病的微创治疗；5.肥胖的诊治；6.其他内分泌疑难杂症的诊治。
