西南医院于1962年成立呼吸病科，包含了结核科。其间几经分合，于1978年自大内科分出组建呼吸科病房（称内三东）。1980年呼吸科独立建科。
二十世纪八十年代中期，呼吸科进入了一个快速发展的阶段，并于1985年被批准为临床硕士学位授予学科。在西南地区乃至国内先后率先开展了胸膜活检、经纤支镜肺活检（TBLB）、支气管碘水造影、支气管肺泡灌洗、支气管动脉灌注介入治疗、经纤支镜微波治疗，经皮细针肺穿刺活检等多项临床诊疗新技术，使得呼吸系统疾病的诊断技术得到了较大的发展，从而奠定了呼吸科在西南地区的领先地位。尤其是自行研制的改良Abrams胸膜活检针，在临床胸膜腔疾病的诊断中得到了广泛的应用，并大大提高了胸膜腔疾病的阳性诊断率，使得胸膜活检技术迅速在全国范围内得以推广，遍及全国20多个省、市、自治区。
八十年代后期及九十年代初，科室的工作重点仍放在临床诊疗技术的改进与提高上，率先在西南地区开展了胸膜腔造影术证实了由于胸膜下肺大疱破裂造成自发性气胸的机制，经鼻纤支镜气管插管机械通气治疗，同时也初步开展了一些基础性实验研究，尤其在肺癌的基础研究上，钙调素与肺癌细胞增殖活力的研究，应用流式细胞仪检测肺癌细胞增殖活力，在国内率先进行了肺癌细胞原代培养，探讨了TGFβ1基因转染对肺巨细胞癌细胞增殖的调控、P53基因点突变、缺失与肺癌的关系、芳香化酶在肺癌组织中的表达及其与肿瘤的关系、钙调素拮抗剂TFP对原代肺细胞化疗敏感性的影响；在国内率先对COPD患者的膈肌疲劳机制进行了初步的探讨。为培养高水平的临床医学人才指明了方向。
随着新世纪的来临，呼吸科再次步入了快速发展的新阶段。2002年被批准为博士学位授权学科。科室在短短的几年多时间里，先后开展了经纤支镜代胸腔镜医用OB胶治疗顽固性气胸、利用Bard针经皮肺穿刺活检术、经纤支镜高频电凝术、胸膜刷检术、放射性气管支架安置术、I125粒子植入术、气道球囊扩张术治疗各种气道狭窄等多项国内较为先进的临床诊疗技术，大大拓展了呼吸系统疾病的诊治领域，进一步巩固了呼吸科在西南地区领先地位。在基础研究领域，也得到了较大的进步：在肺癌研究方面，开展了肺癌耐药相关基因、耐药与染色体畸变关系的研究、姜黄素抗肺癌血管生成的研究、成功利用噬菌体抗体库技术筛选出人源性的抗CEA单克隆抗体；在COPD方面，对慢阻肺患者膈肌疲劳基础与临床进行了详实的研究，并自行成功研制出变频膈肌起搏治疗仪，取得了良好的临床效益；在肺间质纤维化方面，对肺纤维化的发病机制及治疗进行了初步探讨，并首先发现三七总甙在肺纤维化的治疗意义，具有良好的应用前景。
目前呼吸科人员51人，其中医疗系列14人，护理36人，技师1人。人员职务结构为：高级职称5人，中级职称8人，初级职称38人；学历结构为：博士学位5人，硕士学历以上4人，本科及其以下学历42人。目前呼吸科现有博士导师2名，硕士导师4名，均具有较强的科研能力及扎实的临床功底。 科室现开展A、B两个病区，包括RICU病房，床位共81张，全科拥有医护人员50余人。科内配备有先进的呼吸机、肺功能仪、血气分析仪和纤维支气管镜等诊疗仪器，其学科规模和技术力量均达到国内先进水平。全科同志在学科带头人的领导下，齐心协力，立足临床，以病人为中心，急病人之所急，想病人之所想，致力于临床诊疗技术的开展与推广，解除患者的实际病痛，得到了广大患者的信任与好评。科室临床医疗水平处于西南地区领先地位，是一个技术力量雄厚，学术梯队合理，集医疗、教学、科研为一体的综合性临床学科。
