第三军医大学西南医院感染病专科医院（原传染科）创建于1955年，具有悠久的历史和综合医院多学科联合的强大优势，是第三军医大学惟一的传染科及传染病学教研室，也是全国综合性医院中规模最大的传染科之一。现为5个传染病学国家重点学科之一，同时也是全军感染病研究所、重庆市肝病研究所、重庆市感染病研究重点实验室、国家药品食品监督管理局（SFDA）认证的国家临床药理（GCP）基地。
本院拥有高素质的人才队伍，现有医护专业技术人员七十余人。其中教授6人、副教授10人，博士研究生导师6人，博士、硕士研究生20余人。2人入选教育部新世纪优秀人才支持计划和重庆市3221人才计划。多人分别担任中华医学会感染病分会副主任委员、中国医师协会感染病分会副会长、全军感染病专委会副主任委员及重庆市感染病学会主任委员等学术职务。
本院现有用房面积9000余平方米，设两个病区共150张位；拥有功能齐全的临床检验中心、心电图室、胃镜室、脑电图室及彩超室。主要特长为慢性乙、丙型肝炎的诊断和治疗，尤其是肝衰竭/重型肝炎的诊断与临床救治水平居国内领先。在国内率先开展生物人工肝、干细胞和内皮祖细胞治疗肝衰竭、CRRT治疗肝肾综合征、核苷类似物用于重型乙型肝炎抗病毒治疗等基础和临床研究，有效提高了肝衰竭/重型肝炎患者的存活率及肝移植成功率。对多种疑难杂症如发热待查、黄疸待查及发疹待查等的诊疗医技精湛。
本院科研实力雄厚，基础研究实验室面积2000余平方米，仪器设备总值1300余万元。先后承担国家“973”、“863”、“国家自然科学基金”等科研项目40余项。目前重点进行重型肝炎/肝衰竭诊治、病原体变异及快速检侦、病毒性肝炎宿主遗传因素、生物人工肝/肝组织工程/细胞移植、病毒性肝炎模型及肠道微生态等研究。在《Gastroenterology》、《Hepatology》、《Journal of Virology》、《Journal of Clinical Microbiology》等国际权威杂志发表SCI论文50篇。主编卫生部全国高等学校八年制临床医学专业规划教材《感染病学》、《实用传染病学》等专著15部。获国家和军队科技进步奖和医疗成果奖数十项，其中，“重型肝炎/肝衰竭的基础与临床研究”获2006年国家科技进步二等奖，“丙型肝炎的基础与临床研究”获2006年重庆市科技进步二等奖，“生物人工肝”获2004年重庆市科技进步一等奖。生物人工肝系列技术获国家发明专利授权5项，实用新型专利授权4项。获全国百篇优秀博士论文1篇，全国百篇优秀博士论文提名1篇，全军优秀博士论文3篇，重庆市优秀硕士论文1篇。
本院门诊设肝病（含一般杂病）、发热及肠道门诊三个部分。周一至周五为全天门诊（著名专家门诊为周一至周五），周末及节假日为上午门诊并免收挂号费。周六上午有专家门诊。
