长海医院眼科成立于1949年，创立了建国以来国内最早的眼科病理实验室，率先在上海开展角膜移植术，曾涌现出林文秉、杨德旺、计尚年等对中国眼科发展有卓越贡献的专家。目前眼科是博士学位授予学科，世界眼科学会糖尿病眼病防盲协作单位，共有医生16名，护理、医技人员14名，其中教授3名、副教授4名、主治医师6名。年均门诊量6万余人次，年均手术量2500余例。
拥有微切口同轴扭动白内障超声乳化仪、23g、25g玻璃体切割机、波前像差引导准分子激光机、多波长激光机、532倍频眼内激光机、光学相干断层扫描仪、眼科光学生物测量仪、角膜地形图分析仪、视网膜脉络膜荧光眼底造影仪、眼底照相机、A/B超声诊断仪、自动视野仪、非接触眼压计、电脑验光仪等多种进口先进检查治疗设备。开展微切口白内障超声乳化术、青光眼术、微创玻璃体切除术、视网膜脱离复位术、激光角膜屈光术、眼整形术、眼眶肿瘤摘除术、复杂性眼外伤修复术、老年黄斑病变PDT光动力治疗和微创泪道逆行置管术等高新技术，逐步形成了眼外伤急救、视网膜病变诊治和眼屈光治疗的学科特色，使大量疑难危重眼病患者重见光明，取得了优良的治疗效果，深受患者信任和好评。
曾获军队科技进步一等奖1项、二等奖2项，国家卫生部优秀多媒体成果一等奖1项，上海市电化教育多媒体软件一等奖1项，省部级奖励9项等。近年来承担国家科技重大专项1项，国家自然科学基金5项，国家卫生部教学基金2项，上海市基金4项。主编、参编学术专著9部。年均发表SCI等论著20余篇。获得2001年院先进科室，2002年、2009年校基层建设先进科室，2002年院先进党支部，2003年院学科人才建设临床特色技术专项学科，2009年院医德医风优胜科室等荣誉。
