在陈菊梅的精心组织下，各协作单位的专家和其他工作人员心往一处想，劲往一处使，大家共同讨论，各抒己见，最后经过集思广益，科学归纳，形成了攻关研究的统一思路、工作规划，并提出了既有通力合作，又有明确分工的落实措施。以后在课题研究过程中，陈菊梅还多次主持召开阶段工作小结，检查工作进度，肯定工作成绩，找出薄弱环节，提出改进意见，保证了攻关研究有条不紊地顺利进行。
在历时近4年的艰辛攻关中，陈菊梅带领协作组采用中西医结合药物，调动机体免疫功能，维持代谢和阴阳平衡等治疗手段，着重抓早期诊断、早期治疗、早期预防合并症发生等“三早”措施的落实，从而有效地提高了慢重肝患者的成活率。她还深入临床科室，逐个进行个体研究，亲自找慢重肝患者面对面地了解治疗效果，力争全面细致地掌握第一手临床资料，为科研攻关打下坚实的基础。她还与许多慢重肝患者保持着长期的联系，甚至还到患者家中走访，力求掌握出院患者的康复情况，为深入研究创造条件。
实验数据，是靠一点一滴累积起来的；攻关成果，是用大量心血和汗水浸泡出来的。陈菊梅带领协作组先后治疗、观察和分析了600多例慢重肝患者，进行了205例肝组织病理学观察、总结，做了70例尸体解剖检验，终于取得了令人鼓舞的研究成果。陈菊梅在做科研课题总结时，首先提出了各型重型肝炎的更明确、更具体的临床诊断标准和临床分期标准，澄清了慢性重型肝炎在临床诊断方面的种种模糊认识，为早期及时救治病人起到了重要指导作用。这一分期诊断标准，于1995年被纳入《全国病毒性肝炎防治方案》。更为可喜的是，陈菊梅首先拟定了我国用中西医结合治疗慢重肝的模式，提出了对该病进行早期诊断、中西医辨证施治、用药加减和及时处理、预防合并症等综合治疗的科学方法，并在临床实践中形成了一套中西医结合诊治该病的最佳方案，使当时慢重肝的病死率由过去的85%以上降到了40%左右，不仅超额完成了协作组与总后卫生部起初商定的课题招标指标，而且成功地挽救了许多危重患者的生命，这无疑是该病治疗史上的一次具有重大意义的突破。
陈菊梅是最早结合传染病临床难题搞科学研究的老教授之一，也是在这一领域获得科技进步奖最多的老专家之一。20多项成果奖中，国家科技进步三等奖1项，军队科技进步二等奖8项，军队医疗成果二等奖2项；先后发表学术论文150多篇，主编和参编专著11部，在传染病领域树立了一座令人羡慕的丰碑。
每当有急难险重任务时，她总是无所畏惧，冲锋在前
传染病防治是一个始终充满健康风险的领域，陈菊梅几十年如一日，真诚热爱传染病专业，长期安心传染病工作，优质服务传染病患者，勇于献身传染病事业，这既体现在她平时对军队和本职岗位的执着热爱上，更体现在危急关头敢于担当的勇气和智慧上。
2003年初春，突如其来的“非典”疫情开始在我国广州肆虐横行。面对变化莫测的“敌情”，陈菊梅彻夜难眠，并立即意识到，搞好防疫已迫在眉睫。她夜以继日地查阅资料，认真思考对策和方案。2月12日，陈教授第一个接受了中央电视台关于“非典”防治的专家访谈，随后她又连续作战两昼夜，主编了全军第一本《非典型肺炎防治手册》，并开辟了专业杂志的第一个“非典”专栏，成为第一批在军队远程会诊中心讲授预防“非典”感染的专家。3月６日，她镇定地走进了“非典”隔离病房，主持了北京地区第一次对“非典”患者的专家会诊。这“五个第一”，对稳定民心和社会安定起到了至关重要的作用。
