陈菊梅主任听了王永怡的这番介绍之后，非常高兴，马上以赞赏的口气说：“王医师，你所介绍的情况和信息很重要，很有实用价值，你和我想到一块去了，我也正在琢磨结合临床工作搞点实验研究哩，正好，调你到科里来，咱们一起做，你看怎么样？”
王永怡一听，心里更高兴，能在陈菊梅主任领导下搞临床实验研究，正是自己求之不得的好事。不久，王永怡便从医务部调到了陈菊梅领导的二科。
在陈菊梅主任的鼓励和指导下，王永怡很快收集了267例乙脑病人的诊治情况，分门别类地作了总结、归纳，并向陈主任建议，更新对乙脑的免疫诊断和治疗手段，对临床上常用的28种乙脑用药做些动物实验，以确定其疗效。善于听取下级意见的陈菊梅当即表示，大力支持王永怡的建议，并亲自指导王永怡等，先在小白鼠身上进行实验。
万事开头难。早期的药物实验工作，是在病毒研究室的厕所里开始的。既要喂养小白鼠，又要做各种药物实验，狭小的厕所里常常施展不开。陈菊梅看在眼里，急在心头。后来，她当机立断，决定腾出二科的会议室作实验室，并充实了实验人员。于是，全军第一个临床乙脑实验室就这样诞生了。
在陈菊梅的亲自组织和悉心指导下，该科医护人员既不放松临床工作，又抓紧进行临床科学研究，真可谓是双管齐下，两不耽误，相得益彰。临床中遇到的难题，通过科学研究去寻找解决办法，往往能找到正确的答案；科学研究中取得的成果，又通过临床工作去应用，往往又能推动临床治疗效果的不断提高。
经过两年多临床与科研的有机结合，二科的收容数、治愈率明显上升，科研成果也不断涌现。1980年，陈菊梅在“文革”后中华医学会内科学会召开的第一次大会上，作了题为“聚肌胞、特异性免疫核糖核酸、小牛胸腺素及胎球对小鼠乙脑病毒感染的疗效观察”的发言，不仅报告了该科的研究成果，而且阐明了“结合临床难题进行科学研究，用科学研究成果指导临床工作”的重要意义，给了与会代表们一种清新的感觉和一条崭新的思路。
成功，总是属于那些敢创新路的人们；成果，也总是伴随着人们坚持不懈的奋斗。陈菊梅领导医护人员开展临床乙脑实验研究工作两年多来，先后取得一批重要科研成果，其中获得军队科技进步二等奖2项，为提高临床治疗乙脑的疗效做出了突出的贡献。
她牵头协作攻关“慢重肝患者死亡率高”的难题获得重大突破
与各种传染病“打交道”，是一项长期而艰难的工作，难就难在各种传染病的病毒在不断地变异。病毒在变异，病情在变化，医生们也得随机应变，以寻找和适应病情变化的规律，重新研究制定治疗方案。这就是几十年来陈菊梅能够准确诊治各种传染病的成功经验和高度重视科学研究与临床工作相结合的根本缘由。
慢性重型病毒性肝炎的病死率高达85%以上，是临床工作的一大难题。对慢重肝患者，一般的医院都不敢收治，能往专科医院介绍则设法介绍出去。即使专科医院收容后，一般的医生也都不愿接诊。有经验的医生遇到这样的病人，也常常免不了要皱眉头、叹口气……
“七五”期间，总后卫生部决定，把降低慢重肝病死率这一临床难题，作为指令性任务，交由302医院牵头完成。陈菊梅勇挑重担，把这一难题作为自己的首选攻关研究课题，决心在诊治慢重肝这个顽固堡垒上打开一个缺口。当时，她作为攻关课题组的牵头人，同总后卫生部商定课题指标计划时，目标是降低慢重肝病死率20%—30%。根据那时的情况，能降低这么多，已经是很高的奋斗目标了。
