孔昭同，字从吾，１８８０年生于山东省滕县（今滕州市）城北西柳泉庄。他自幼苦读经书，博览群籍，１８岁考中秀才。
青年时代的孔昭同，正处于清王朝末期，朝政腐败，列强压境，国家危亡。孔昭同对此忧愤在心，矢志报国。１９０８年，孔昭同经人介绍，入江北陆军学校学习。他心情激奋，认为从此可以实现弃文习武，投笔从戎，抵御外侮，拯救国家于危亡的夙愿。学成毕业后，孔昭同先后在陆军第五师任连长，在陆军第十二师任营长、团长、旅长，在陆军第十三师任师长。时值军阀混战，他深憾报国无门。
１９２７年２月，早就想从军阀混战之中解脱出来的孔昭同，乘混乱之机，携眷属离任。之后，他在济南过了六年解甲赋闲的生活。１９３３年，孔昭同离开济南回到滕县，在滕县城南购置一处寓所，又在东门里开设一处“同仁堂”药庄。孔昭同开药店为的是济世活人，对付不起药费的贫穷人家，他总是吩咐伙计免费付药。当时，穷苦人都称“同仁堂”是“慈善堂”、“救命堂”。
１９３７年抗日战争全面爆发，５７岁的孔昭同报国壮志不已。他一面向乡亲们宣传“国家兴亡，匹夫有责”的道理，动员大家为抗日救国贡献力量；一面教育子女，学文练武，共赴国难。
这年，范铭枢先生到滕县，以讲学为名，宣传抗日。孔昭同设宴款待范先生，两人一见如故，志同道合，促膝抵掌，彻夜长谈。在组织抗日武装的问题上，两人一拍即合。当谈到抗日武装队伍的番号时，孔昭同担心蒋介石不承认自己组织的抗日队伍，想通过范铭枢先生，向冯玉祥要求加给番号。范铭枢先生说：“用不着跟他去要求，也用不着要什么名义，抗日救国，人人有责。”孔昭同深受启发，当即说道：“范先生所言极是，国家是炎黄子孙共有的，‘国家兴亡，匹夫有责’，不管蒋氏承认与否，孔某决意拉队伍，抗日救亡，尽忠报国！”
就在孔昭同着手组织抗日队伍时，中共地下党组织于１９３８年１月底发动群众组织鲁南民众抗日自卫军。孔昭同闻讯即参加了自卫军，并接受推举，担任了副司令。２月间，他与自卫军其他领导一起，带领队伍开到敌后泗水县张家庄一带，进行抗日活动。
当时，为阻止日寇南侵，国民党军第五战区司令部调川军邓锡侯部驻守滕县界河附近。川军冒着严寒与日军激战，掩护津浦路正面。孔昭同下令集中了一些裁剪缝纫能手，为川军赶制手套。没有经费，他自己捐；没有布匹，他自己献，甚至连儿女们的新婚棉被也献了出来。别人问他为什么这样做，他说：“不抗战，国就要亡，哪里还有家呢！”
１９３８年３月１０日，孔昭同的大儿子孔宪尧正在滕县城里带领游击队宣传抗日，日寇飞机突然空袭，狂轰滥炸，百姓死伤枕藉，孔宪尧亦被炸身亡。孔昭同的三儿子孔宪纲，正和伙伴们在家练武，亦同时遇难。孔昭同看到两个儿子都被日寇飞机炸死，顿时激起无限悲愤。他身披黄带，上写“上尽国忠，下报家仇”八个遒劲大字，披星戴月，奔波于城乡，宣传抗日救亡，发动青壮年参加抗日武装。为了购置枪支，家庭财产变卖几尽。
３月１７日，滕县失守。泗水县的汉奸张宪荣部乘机袭击了自卫军，自卫军遭受很大损失，杨士元和孔昭同率司令部机关等部分人员撤退到临沂县境内。在处境十分困难的情况下，孔昭同临危不惧。
４月，鲁南民众抗日自卫军重新组建，经孔昭同联络，邹县乡师校长刘昭汉率领一部人员参加了自卫军，部队又发展到１００人。此后，吉鸿昌将军的弟弟吉仿勇和高通、杨尧等共产党人也相继来到鲁南，帮助孔昭同进行抗日武装建设，队伍日益扩大。这年秋季，自卫军在滕县顾家庙举行了抗日誓师大会。会上，孔昭同慷慨陈词，热泪纵横；战士们群情激昂，一致表示坚决抗战到底，誓死不作亡国奴。
９月，孔昭同得知原自卫军第一支队司令董尧卿率部队在峄县西部孤军作战，便派人前往联系，商约合作抗战。当月下旬，董尧卿和董开夫率部在黄土崖村与孔昭同会合，自卫队已拥有三个旅及一个特务团。此后，孔昭同率部转战于抱犊崮山区，一年之间与日伪军作战三四十次，不断打击敌人。
１９３９年３月２２日，孔昭同率部在滕县龙岭山下任庄附近，与一百多名日军遭遇。孔昭同当即命令所部迅速抢占有利地形，向日军发起猛烈攻击。他振臂高呼：“尧、纲两儿，其魂有灵，助父杀敌，雪耻报仇！”喊罢，他脱掉皮袄，赤膊上阵，亲率战士与敌厮杀。日军不支，仓皇败逃。孔昭同率部追击２０多里方回。
夏初的一天夜里，孔昭同的部队刚转移到西山腰村不久，就遭到了日军的袭击。尽管部队迅速突围，损失还是相当严重。日军这次反常的夜间奔袭，引起了孔昭同的警惕和深思。经过调查，发现他的族兄、副官孔昭令有通敌行为，便设计将其抓捕。在取得确凿物证和口供后，召集群众大会宣布了其族兄的罪行，并立即处决。他这一大义灭亲的举动，使军威大振，群众也深受感动。
９月，八路军一一五师六八六团由鲁西到达抱犊崮山区。孔昭同闻讯十分高兴，很快与八路军取得了联系。在会师大会上，孔昭同发表了热情洋溢的讲话，称八路军是“真正坚持抗日的队伍”。会后，他派代表携带物品慰劳八路军指战员。
当时，在抱犊崮山区有一股地方武装盘踞在文王峪，不断破坏抗日根据地的建设。八路军一一五师首长命令六八六团打掉这个据点，并指示师部参谋周乐亭带领孔昭同部的二旅部分兵力，配合作战。孔昭同部的官兵亲眼看到八路军英勇善战，非常钦佩。战斗结束后，孔昭同对八路军倍加称赞，多次派董开夫旅长到一一五师讨论共同抗日及根据地建设等事宜，并表示愿意接受一一五师领导。
１９４０年２月，一一五师调集六八六团、特务团、苏鲁支队等部，收复了滕（县）、费（县）之间的重镇白彦镇，消灭了汉奸孙鹤龄部。孔昭同率部参加了这次战斗。白彦收复后，八路军营救出被汉奸孙鹤龄捉去作人质的孔昭同的眷属，这使孔昭同非常感动。特别是他目睹了八路军英勇顽强的战斗精神、深入细致的政治工作，以及亲同手足的官兵关系，因而更加坚定了他跟随共产党抗战到底的决心。于是，他郑重地要求一一五师改编自己的部队，接受共产党的领导。４月，孔昭同所部正式改编为一一五师曲、泗、邹、滕、费五县游击队，第十八集团军总部电委孔昭同任司令。
这年秋天，孔昭同奉命率部开往邹东（今平邑县境）休整待命。由于战事频繁，操劳过度，积劳成疾的孔昭同此时病情十分严重。国民党保安二师师长申宪武得悉后，乘八路军一一五师主力远征之机，在邹东田黄一带向孔昭同部发动突然袭击。孔昭同强支病体，冒着纷飞的炮火，指挥部队反击。战斗持续两天两夜，待增援部队到达，击溃了申宪武部，才转危为安。
田黄自卫战结束之后，孔昭同的病情急剧恶化，当即被送往一一五师卫生部医院抢救治疗。住院期间，他仍关注着抗日大业，弥留之际，他在给部下的遗嘱中写道：
“全体同志公鉴：
吾自抗战以来，将近三载，意欲上尽国忠，下报家仇，以完成伟大之事业，不意吾身染不治之病，危在旦夕，使我未成之业，中途而止，实乃吾终身之憾事也。犬子宪绍，年幼无知，恐亦难继承吾志，惟望各位和衷共济，协同杀敌，吾在九泉亦瞑目矣。切切此嘱。”
孔昭同在医院里虽经多方治疗，终因病情恶化，于１９４０年１１月１１日与世长辞，享年６０岁。