卢沟桥事变爆发，抗日战争全面展开。正在中央党校学习的肖永智奉命重上战场，奔赴抗日战争第一线。１９３７年８月，肖永智被任命为八路军一二九师七七二团政委，翻越太行山，跨越京汉线，顺利进入鲁西南地区与日寇展开激烈战斗。
１９３９年秋天，华北地区阴雨连绵，部队行进困难。一天夜晚，部队宿营在野猪岭的一个山村里，突然遭到日冠包围。肖永智沉着冷静，毫不惊慌，从村子里找来一些火药和鞭炮，装进几个汽油桶里，点火之后砰啪爆响。肖永智布置十几名战士在村西佯装突围，吸引敌人主力，然后集中全团火力攻打一处，胜利突出重围。战后一些干部和战士夸赞肖永智用兵如神，他却说：“和魔鬼打交道，就要多长个心眼。两强相遇勇者胜嘛！”部队突围后，很快转移到馆陶县境。肖永智率部迂回穿插，勇战日寇，不久就在这里开辟了方圆百余里的敌后抗日根据地。
１９４０年夏季，党中央作出团结一切抗日力量，实行抗日统一战线的战略决策。肖永智奉命率部奔赴冀南三分区，和先遣纵队、八路军七七二团合编为一二九师新八旅，由肖永智担任旅政委。
整编后的新八旅成分比较复杂，干部之间经常发生一些小矛盾。有一天，部队住在一个村子里，有个瓜农见到新八旅的战士路过瓜园不吃瓜，十分感动，特意挑了一个沙瓤大西瓜送到部队表示心意。全旅战士几百人，一个西瓜怎么吃？肖永智沉思一会儿，叫警卫员请来部下几名战士当代表来旅部作客。他先把圆圆的大西瓜送到一个战士面前，笑着说：“请吃瓜。”这个战士笑了笑递给另一个战士。手捧大西瓜的战士站起来说：“政委，瓜不切开怎么吃呀！”肖永智哈哈大笑道：“对了，对了。整瓜难吃，切开就容易吃了。”那几个战士吃着切开的西瓜，茅塞顿开，都说：“政委，过去我们做了一些不利于团结的事，今后一定改，要亲密团结，团结得像一个大家庭一样。”
肖永智做政治工作不搞空头说教，善于把革命理论具体化、形象化、故事化，尤其注重用实际行动感化战士。一天夜晚，新八旅偷渡敌人据点侧面的一条大河。渡口没有船，又不知河水深浅，敌人还不时朝河边开枪，进行“火力侦察”。这时，部队有些混乱，肖永智立即命令往后传：“肃静，沉着，待命。”自己一甩衣服，亲自跳下河去试探水情，然后命令先遣纵队和攻克纵队先渡河，他指挥着合编前自己所率部队的战士压在最后。渡河成功了，新八旅从此更加团结。
１９４３年春，抗日战争进入新的阶段。为了配合战略反攻，冀南党委命肖永智带领一部分干部、战士奔赴卫河以东，开辟临（清）、馆（陶）、堂（邑）根据地。他带队到达目的地后，立即深入乡村，出入农家，展开了紧张的敌后抗日根据地的创建工作。同年７月，在冀南成立七分区，肖永智担任分区政治委员。
１９４４年金秋十月，银棉白，金谷黄，敌后根据地一派丰收景象。一天中午，肖永智带着两名同志串乡部署护秋措施，行至清平县陈官营时，突然遭到敌人袭击。他们当即伏地还击，英勇奋战。终因敌我双方力量悬殊过大，肖永智等３名同志先后壮烈牺牲。
肖永智为国捐躯的噩耗传开，冀南党政军民悲痛欲绝，同声哀悼。一位和肖永智并肩战斗多年的老战友，挥泪写下一首《悼永智》小诗寄托哀思：“戎马沙场十三秋，铁蹄踏遍半神州。英勇善战一将领，功勋卓著仍黑头。今日含笑为雄鬼，九泉之下亦风流。”
（来源：新县党史地方志研究室著《红色的土地 英雄的人民》）