在民主革命时期，中国共产党形成了一套领导革命根据地建设的制度。由于中国革命先在局部地区取得胜利，然后取得全国胜利的特点，在新中国成立的时候，党已经相当地发展了自己的组织领导系统，培养了一批初通理政理财的领导人员和管理人员。这就为领导一个全国性政权提供了主要的组织基础、领导方法和工作制度。随着新中国的成立，党从过去战争环境下在局部地区行使一定政府职能，转变为和平环境下在全国范围内执掌国家政权。如何在逐渐转向和平建设的执政条件下，主要依靠和采用民主与法制的方法，行之有效地领导和管理纷繁复杂的国家事务和社会生活，这是党面临的又一个重大课题。
新中国成立之初，各级政权机构尚处于初创阶段，而党的领导机关和各级组织则比较严密、健全，对党政军民各项工作的具体领导有着丰富的经验。同时，肃清残余敌人、镇压反革命和抗美援朝的政治和军事斗争，需要一个权力集中的指挥中心；经济恢复和民主改革的繁重任务也需要强有力的组织领导。因此，党在抗日战争时期形成的一元化领导方式继续延续下来。其基本点是，党的中央局及地方党委为各该地区的最高领导机关，统一各地方党政军民工作的领导；中央局及各级党委的决定、指示，同级政府的党团（后为党组）、军队的军政委员会以及民众团体的党团及党员，均须无条件地执行。在军事、政治斗争形势还很严峻的新中国成立初期，在同级党政军民组织的相互关系上强调党的一元化领导，对于统一指挥、集中力量、协调一致地完成经济恢复和民主改革的任务，起了十分重要的作用。
在一元化领导的格局下，党注意到如何在领导方式上防止党政不分、以党代政的问题。1949年10月30日，根据党中央的要求，中央宣传部和新华总社发出《关于中央人民政府成立后宣传工作中应注意事项的指示》。《指示》明确指出：“在中央人民政府成立后，凡属政府职权范围者应由中央人民政府讨论决定，由政府明令颁布实施。其属于全国范围者应由中央政府颁布，其属于地方范围者由地方政府颁布，不要再如过去那样有时以中国共产党名义向人民发布行政性质的决定、决议或通知。”周恩来1950年4月在全国统战工作会议上说明：我们已经在全国范围内建立了国家政权，而我们党在政权中又居于领导地位，所以一切号令应该经政权机构发出。这点中央已经注意到，各地也应该注意。由于过去长期战争条件，使我们形成了一种习惯，常常以党的名义下达命令，尤其在军队中更是这样。现在进入和平时期，又建立了全国政权，就应当改变这种习惯。他说：“党政有联系也有区别。党的方针、政策要组织实施，必须通过政府，党组织保证贯彻。”
为了在中央人民政府成立后保证党对政府工作的领导，1949年11月，中共中央作出《关于在中央人民政府内组织中国共产党党委会的决定》和《关于在中央人民政府内建立中国共产党党组的决定》。上述决定，在中央和地方各级政府部门均予以实行。各级政府机关党委的职能，主要是依据中央人民政府的政策决议，保证政府部门各项行政任务的完成。同时，为了在工作中贯彻党的政治路线及各项政策，在中央人民政府所属各委、部、会、院、署、行，由担任负责工作的共产党员组成党组，党中央一切有关政府工作的决定、指示，党组必须保证执行，不得违反。在新中国成立初期，各国家机关的领导人员中包括许多非党民主人士，按照党组系统向党中央请示报告工作，通过党组在政府部门实现党的政策和决定，并加强党员干部和非党干部的团结，起了很好的作用。党组制度由中央国家机关推及地方各级政府部门，包括各级政协组织、人民团体等，一直坚持下来。
新中国成立后，在干部人事制度方面，实行党管干部的原则，即国家的一切干部都要按照党的有关方针政策和原则实行统一的管理。除军队干部实行单独管理外，其余所有干部都统一由中央和各级党委的组织部门管理。政府人事部门是党管理干部的一种组织形式，受同级党委组织部的指导。
另外，新中国成立初期，在政法系统实行有关案件的党内审批制度。当时肃清残余敌人、镇压反革命分子破坏活动的任务十分繁重，在法制很不完备、检察审判机构很不健全的情况下，党主要采取自上而下动员群众、加强政策指导等办法。为了防止在大规模镇反运动中出现“左”的偏差，党强调有关逮捕、判刑尤其是死刑判决，均须经过相当一级党委审批。特别重要的案件判决，则须报经党中央批准。这对当时防止和纠正错捕、错判、错杀是必要的。问题是后来形成对各种案件的党内审批制度，导致“以党代政”，对我国的法制建设产生了长期不利影响。
关于国家工作中领导关系的调整，政务院政法委员会主任董必武多次指出：党领导国家政权，但决不是直接管理国家事务，决不是说可以把党和国家看作是一个东西。党对国家政权机关的领导应当理解为经过它，把它强化起来，使它能发挥其政权的作用。党无论在什么情况下，不应把党的机关的职能和国家机关的职能混同起来。党不能因为领导政权机关就包办代替政权机关的工作，也不能因领导政权机关而取消党本身组织的职能。关于党对国家政权机关的正确关系，可概括为以下三条：一是对政权机关工作的性质和方向给予确定的指示；二是通过政权机关及其工作部门实施党的政策，并对它们的活动实施监督；三是挑选和提拔忠诚而有能力的干部（党与非党的）到政权机关去工作。
新中国成立初期，党注意到对过去战争环境下的领导方式进行调整，初步提出了一些正确处理党政关系的基本原则。由于当时巩固政权、恢复经济和改造社会的任务十分繁重，需要在各个方面加强党的领导，所以在一元化领导方式下党政不分、以党代政的问题并未得到很好的解决。但是在这方面所作的努力，成为党对领导制度和执政方式进行探索的开端。
