特科开始下面设三个科：
一科开始叫总部，后来称总务科，该科的主要职责是为中央机关和领导同志租赁住房，布置开会场所，营救被捕中央负责同志，建立联络点以及负责收殓被敌人杀害的同志遗体，料理家属生活等等，科长洪扬生。
二科是情报科，该科主要负责收集情报，掌握敌情。在做法上，采取“打进去”和“拉出来”的办法，深入敌人要害部门，搜集各种情报，掌握敌人的活动规律，破坏敌人的阴谋，科长陈赓。
三科是行动科，负责抢救被捕同志，打击罪大恶极的叛徒。该科下面设有手枪、盒子枪武装的“红队”，也叫打“狗”队。其成员都是从上海工人中和各苏区红军中，选调一些机智勇敢、枪法最好的特等射手组成，专门负责打“狗”（镇压叛徒和国民党特务）的工作，科长由顾顺章兼任。
之后随着形势发展的需要，成立了交通科，又称通讯联络科，其任务是负责党中央同各根据地、红军和各省委的无线电台联系，水陆交通线的联系，科长李强。
情报工作是特科的一项重要任务。周恩来本着“不入虎穴，焉得虎子”、“知彼知己，百战不殆”的原则，很重视挑选可靠机敏的党员或党的同情者打入敌人心脏，掌握敌情，为我党制定对敌政策提供可靠的依据。
