清政府和李鸿章的妥协退让没有换来日本的积极配合，反而更加刺激了日本对外扩张的野心。1879年(明治十二年)，日本趁法国入侵越南，沙皇俄国重兵压境图占伊犁之际，废琉球王室，改琉球国为冲绳县。此时李鸿章已从日本人一而再再而三的落井下石与得势不让人的霸道中，清醒地认识到日本的侵略性，并认定日本终究为中国之患。“联日”幻想彻底破灭。此后，李鸿章真正开始为防范日本进行军事准备，向西方大量购买先进舰艇，中国的海防建设从此进入一个新的阶段。
另外，李鸿章自琉球案开始意识到，朝鲜必将是日本下一个侵略目标。于是从维护中朝宗藩关系，尤其是中国的国防安全出发，李鸿章采取一系列措施防范日本对朝鲜的侵占与渗透。首要的就是在其积极劝说下朝鲜政府与英、美、德、法签订通商条约，利用西方势力在朝鲜形成制衡俄、日的均势局面。但李想通过外交手段压住日本，确实是完全低估了日本的野心和胆量。
1882年朝鲜发生反日反封建的“壬午兵变”，日本趁机出兵强迫朝鲜签订了《济物浦条约》。通过此条约日本不仅扩大了在朝鲜的经济侵略和政治影响，更重要的是日本通过此条约获得了和清政府一样的在朝鲜驻兵的权利。1883年中法战争爆发，当1884年战局对清政府不利的时候，日本趁机唆使朝鲜的开化党发动“甲申政变”，企图通过开化党的政变加强在朝鲜的势力。李鸿章对日本的野心早有防范，他一方面电令驻日公使设法平息日本的干涉，一面向总理衙门上书陈述朝鲜地缘战略地位对清政府的重要性，主张出兵朝鲜平定政变，防止日本在朝鲜的扩张。而此次清政府上下也表现出了较高的决策和执行效率，快速出兵平息了的政变，未造成事态的扩大。但日本还是与朝鲜签署了《日韩汉城条约》，并在随后的与清政府的谈判中，软磨硬泡签订了《天津条约》，为后来的出兵朝鲜提动了法律依据。
在政治外交层面防范日本的同时，李鸿章经过多年的苦心经营，在军事准备上取得巨大进展。1890年北洋海军的“八大远”（定远、镇远、济远、致远、靖远、经远、来远、平远)的主力格局正式形成。再加上原有的超勇、扬威两艘撞击巡洋舰和各式炮艇、练习船、鱼雷艇，李鸿章终于经营出了一支亚洲第一的舰队。同时，威海、旅顺、大连的海防工程和海军后勤保障设施也已相对完善。可以说，当时的李鸿章手中握有如此实力的王牌，对日博弈上自然多了几分把握。为进一步威慑日本，1892年6月，李鸿章命北洋海军提督丁汝昌率铁甲舰“定远”号、“镇远”号等6艘军舰访问日本，再次炫耀铁甲巨舰的威容。然而此次访问极大的刺激了日本发展海军的决心。日本上至天皇下至普通民众，纷纷捐钱造舰，打造一支抗衡北洋水师的舰队。而反观清政府在海军建设上则止步不前，至甲午战争爆发前，日本海上实力已经超过大清。
综上所述，甲午战争前李鸿章在对日本的认识和判断上，由初期的想“联合”逐渐演变为“防范”。当日本出兵台湾、吞并琉球后李鸿章认识到了日本的野心，加紧了对日的军事准备。应该说李鸿章在当时的条件下对日本的威胁判断是较为清醒的，而且是难能可贵的，为当时中国防范日本、加强海防建设，提供了重要的依据和指导。然而威胁的判断仅是制定战略的前提，由于种种原因，甲午战争前清政府一直未能制定出明确的对日战略，并在现实的对日博弈中屡屡失策，贻误战机。剑不如人，剑法也不如人，外强中干的清王朝军队如摧枯拉朽之势，败于“蕞尔小国”也就不足为奇了。
