国民党第26路军在宁都起义当日，中革军委即决定，授予起义部队以“中国工农红军第5军团”番号。并由毛泽东、朱德分别以中华苏维埃共和国主席、中华苏维埃共和国革命军事委员会主席名义签发委任状，委任季振同为第5军团总指挥，董振堂为副总指挥兼第13军军长，赵博生为军团参谋长兼第14军军长，黄中岳为第15军军长。同时，派总政治部主任王稼祥、军委秘书长刘伯坚前往第26路军新集结地石城迎接并安置部队。此后几天里，苏区中央局、中革军委连续召开会议，研究起义部队的整编问题。
关于整编原则，大家意见完全一致：按照红四军党的第九次代表大会决议（古田会议决议）的精神办事，建立党的领导，加强政治思想工作。据此，决定调大革命时期曾在西北军工作过的刘伯坚到第5军团任政治部主任，先行报到做整编准备工作。同时，从红军学校和部队中选派了一些有改造旧军队经验和出国留过学的干部，如左权、宋任穷、朱良才、程子华、朱瑞、唐天际、赖传珠等到第5军团工作。但由谁任第5军团政治委员，全面领导起义部队整编工作，大家议来议去，一时定不下来。
究其原因，主要是大家都知道第26路军上层军官很大一部分是保定和西北军官学校毕业生，有的还留学日本。第5军团政治委员须是一个不仅有能力，还要有资历、有学历的人。会上有人提议由两次留苏、且在大革命时期是北伐军党代表的萧劲光出任。江西省委书记李富春征求时任中华苏维埃共和国临时中央政府主席、负责指导第5军团建设工作的毛泽东的意见。毛泽东明确表示，这事关系重大，应该派萧劲光去。
18日，中革军委任命萧劲光为中国工农红军第5军团政治委员。萧劲光深知责任重大，到职后连夜与季振同、董振堂等军团领导交流思想，接着组织大家学习古田会议决议，研究改编方案。22日，整编工作全面展开。首先，军委选定的团以上领导干部悉数到位；萧劲光到任后又从部队抽调部分基层干部，陆续分配到第5军团各部队，担任各级政工干部。调到第5军团任职的政工干部到职后，按照军团党委确定的团结、教育、改造的政治工作方针，有序地展开工作。经过认真考察，党组织及时发展部分思想进步、政治立场坚定、在起义中表现突出的官兵入了党。以党组织为核心，团结进步的、带动中间的、影响落后的，起义官兵的思想情绪逐步稳定下来。其次，在连以下单位成立士兵委员会，让士兵研究决定自己的事情；各连队成立经济委员会，实行经济民主，定期公布账目；彻底废除军官体罚、打骂士兵的制度，实行官兵平等；坚决纠正劫掠群众财物、欺压老百姓等旧军队思想作风。在改造过程中，军团各级党组织始终坚持团结、教育、改造的方针，立足团结大局，充分尊重和信任部队原有领导，维护他们在部队的威信，还非常重视关心官兵的个人生活。第三，军团政治部组织举办政治训练班，对团以上军官进行红军性质、宗旨、纪律法规以及共产主义基本理论教育。为了增强教育效果，使官兵加深对红军的了解，部队轮流前往中央苏区党政机关、红军学校及部队驻地参观学习，让大家切身体察红军官兵的工作、生活。其间，毛泽东、朱德等多次出面接待，向起义官兵介绍情况。
通过1个多月教育训练，部队不仅思想稳定，精神面貌也有了明显变化。在这期间，部分起义军官收到国民党特务的策反信，有的特务还混进部队做策反工作。官兵不为名利所诱惑，大都主动上交了策反信，检举了策反者。到第5军团指导检查整编工作的时任总政副主任聂荣臻曾满意地说，“红5军团开始‘红’了！”
整编工作也并非一帆风顺。1932年1月底，第14军一名副连长在谣言蛊惑下，乘人不备杀死连里的政工干部，连夜出走；有的营、团干部，甚至个别师的领导也三五成群地议论要离队。这是红军此前不曾遇到过的事，萧劲光立即前往30里外的瑞金请示解决办法。说明情况后，有的领导说先把带头闹事的干部控制起来，有的提出立即调部队武力解决，萧劲光觉得均不妥，遂找毛泽东请示。毛泽东明确指示：无论如何不能武力解决，那样事情会更糟。只能用“剥竹笋”的办法，把各种不同想法的人区别对待；不能“割韭菜”，不加区分“一刀切”。
萧劲光听了豁然开朗，他返回后向军团领导原原本本地作了传达。季振同向闹事官兵宣布：已请示过军委和毛主席，起义是大家自愿，去留自由。想走的现在就可以走，给你们发路费。
结果，闹着走的人大都没走，少数走了的，离队后找不到出路，过了一段时间又自动回到部队。军团机关履行诺言，热情召开欢迎会，欢迎他们归队。风波平息后，军团又进一步加强了思想政治工作，吸收一批在“风波”中表现突出的同志入了党，选拔部分军官进红军学校学习。不久，又打破原师团建制，在军团范围内实行几个大单位官兵混编，使第5军团部队更加团结稳定，军政训练有序展开。
为了表彰宁都起义的领导者，中革军委根据中华苏维埃共和国临时中央政府的决定，于1932年12月4日授予董振堂、赵博生两位同志以全苏大会所制定最高荣誉的红旗章。
随后，第5军团在赣州战役、南雄水口战役、第四及第五次反“围剿”战斗和战略转移中屡建奇功。赵博生、董振堂等为革命献出了宝贵的生命；姬鹏飞、李达、黄镇、王幼平、袁汉澄、苏进、孙毅等成长为开国将领，为中华民族的独立、解放作出不朽的贡献。