5个月内接连发生两起波音737Max8空难事故，使飞机制造巨头波音公司在全球遭遇严重信任危机，曾为波音高管的美国代理国防部长沙纳汉也被卷入舆论旋涡。当地时间3月20日，美国国防部督察长办公室宣布，已启动对沙纳汉的调查，理由是他被指偏袒老东家波音公司、有违职业道德。对此，有媒体报道称，这将成为特朗普能否让沙纳汉“转正”的关键因素。

此前，位于华盛顿、名为“公民责任和道德”的监督组织向五角大楼督察长提出道德诉讼，指控沙纳汉在担任五角大楼官员期间不公平地为前雇主推销游说，甚至在空军2020财年预算中强行加入一项波音公司战机的采购案。该组织在诉讼书中称，沙纳汉“作了大量声明表态以推销前雇主波音公司，并在下属面前贬低波音公司的竞争对手——洛克希德·马丁公司。”

美国民主党参议员布鲁门塔尔3月20日表示，必须仔细审查沙纳汉同波音的联系。“事实上，这样的审查已经太晚了”，布鲁门塔尔把波音公司比喻成800磅重大猩猩，称其在五角大楼具有深远的影响力。对此，沙纳汉表示，他没有和政府中任何人谈过这个问题，也没向他们介绍过相关情况。五角大楼发言人克罗森发表声明称，沙纳汉对此次审查表示欢迎。“代理国防部长沙纳汉一直以来都遵守自己加入国防部的道德协议，这份协议确保任何与波音公司有关的事宜，均由五角大楼内相关官员处理，以避免出现与波音公司有关的利益冲突。”

《华尔街日报》3月21日报道称，上述投诉没有提及波音面对的最紧迫问题——埃塞俄比亚航空公司波音客机空难事件。美国《时代》周刊称，沙纳汉遭到的指控和调查显得关系重大，因为白宫正在考虑提名他成为正式的国防部长。他现在有一个特别的头衔：美国历史上时间最长的“代理防长”，从上任到现在已近80天，还在继续“代理”当中。英国广播公司称，在白宫正考虑是否正式提名沙纳汉担任防长、填补去年12月马蒂斯离任造成的空缺之际，这项调查可能给沙纳汉的前途蒙上阴影。