南方飞机公司把自动飞行控制系统的设计转包给英国马可尼公司（现在的GEC-马可尼）和法国航空导航设备公司（SFENA，现已并入泰雷斯航电）。英国“协和”在菲尔顿组装，法国“协和”在图卢兹组装。
1963年6月，航空公司开始下达意向订单，预计“协和”在1968年投入服役，但事后证明这个预计有点过于乐观了。1965年2月“协和”原型机开始制造。1967年12月11日第一架001号原型机在图卢兹下线，但直到15个月后才进行首飞，1969年3月2日，该机在机组安德烈•蒂尔卡、雅克•吉尼亚尔、米歇尔•雷蒂夫、亨利•佩里耶的驾驶下升空。第二架002号原型机于1969年4月9日在菲尔顿首飞，试飞表明“协和”的基本设计合理，但这样尖端的飞机存在许多要解决的bug。1969年10月1日001号原型机进行了首次超音速飞行，1970年11月4日进行了首次2马赫飞行。
制造中的“协和”第二架002号原型机
