联合打击战斗机计划在2010年初的进度已落后13个月，三军种原订完成初始作战能力（Initial Operational Capability）的时间也因此有所改变。计划的落后对美国海军造成的冲击较大，因为随着海军现役的F-18A/B/C/D大黄蜂号将于2012年开始陆续退役，延后部署会导致战斗机数量无法满足战备需求，海军预期2017年会到达最高峰的不足177架，即便采取延长F-18服役寿命的应急措施，战斗机数量不足数仍将近100架。
美国政府审计局（Government Accountability Office）对进度落后也提出警告︰预计在完成作战测试评估前，联合打击战斗机将出厂360架，一旦测试过程中发现有任何缺失，修改生产线就得花上一大笔钱，已出厂飞机返厂修改也所费不赀，对未来的飞机价格一定会有不利的影响。
