政、民事、生产、司法、宗教等事务，主要交由受到中央政府册封任命的当地民族中的上层首领自己处理。汉、唐时期设置的西域都护府，清朝政府派驻的伊犁将军等基本都是如此。例如清朝政府在任命伊犁将军时的敕书中所给予伊犁将军的职权是：“凡乌鲁木齐、巴里坤所有满洲、索伦、察哈尔、绿旗官兵，皆听将军总统调遣。至回部与伊犁相通，自叶尔羌、喀什噶尔以至哈密等处驻扎官兵，亦归将军兼管。其地方事务，有各处驻扎大臣，仍照旧办理”。对此，《新疆图志》卷24中说：“国朝初定，西域侯建行师，立军府于伊犁，其建置规模考之前史，大抵于唐为近。若驻防各城者，则有办事、协办、领队诸大臣，犹唐之有都督及诸军镇使也”。在这种军府制度下，各民族首领仍保留有许多特权，特别是管理本地区民族事务的权力。在新疆这样一个多民族聚居、经济文化发展又比较落后的地区，实行这种制度，在一定时期内，对于团结、利用各少数民族首领为中央王朝政府服务，尽快稳定地方政局、保持经济发展都曾起过重要作用。
但是，也应该指出，这毕竟是一种比较落后的政治制度(中国一些史籍又称之为“土司制度”)和权宜之制，而且随着新疆社会经济的发展和与内地经济文化交流的增多，更成为阻碍新疆社会经济进步发展的严重障碍。在这种制度下，新疆许多民族地区落后的农奴生产方式、甚至奴隶生产方式得以长期保留，中央政府的许多政令在这些民族地区无法顺利通行，国家正常的赋税也不能收入国库。因此，随着中央政府对新疆治理的不断加强和政策的不断完善，在新疆推行与内地一致的郡县政治制度巳是历史发展的必然。
早在东晋成和二年(公元327)，臣属于西晋政府的河西地方政权前凉统治者张骏便在新疆东部的吐鲁番设立“高昌郡”，下辖田地等县。这是内地郡县制首次在新疆推行，有重要的历史意义。以后，中央政府在新疆推行郡县制度的地区不断扩大。隋朝政府治理新疆后，在新疆东部地区设伊吾、都将、且末三郡，下辖多县。②唐朝政府治理西域后，先后在哈密、吐鲁番、吉木萨尔等地设立伊州、西州、庭州(相当于郡)及所属的十二个县，实行郡县制度。这样，新疆实行郡县制的地区又进一步从天山南部扩大到天山北部。18世纪中期清朝政府治理新疆后，在乌鲁木齐设立镇迪道，下辖镇西府(巴里坤)、迪化直隶州(乌鲁木齐)及奇台、阜康、昌吉、绥来(玛纳斯)等县及其他机构，在东起巴里坤、西到精河、南至吐鲁番的广大地区实行郡县制度。在这些实行郡县制度的地区，各级官员多为文职，由中央政府直接派遣，管理各地农民群众的生产、赋税等事务，实行与内地基本一致的治理政策，大大促进了这些地区社会经济的发展。这些地区，不仅成为中央政府治理新疆的驻要依靠力量，而且社会经济的发展水平也高于同期新疆其他地区。
19世纪中期新疆进入近代社会以后，特别是70至80年代重新治理新疆以后，面对新疆区内外变化了的新形势，清朝政府同意左宗棠等人的意见，决定废除在新疆长期存在的军府制度，在全新疆推行郡县制度，以新疆巡抚代替伊犁将军为全疆最高行政长官。在新疆这一重大政治制度变革中，左宗棠说，“为新疆画久安长治之策，纾朝廷西顾之忧，则设行省，改郡县，事有不容己者”。刘锦棠也说：“熟度关外情形，求所以长治久安之道，固舍设郡县、易旧制，别鲜良图”。
因此，在全疆推行郡县制，实行与全国一致的政治制度，是一场涉及新疆政治、经济、军事等各方面的重大变革，是新疆历史长期发展的必然结果，也是在新的历史条件下中央政府进一步加强和完善对新疆治理的需要，对于提高新疆在全国的政治地
