同，清朝政府首先进兵天山北部，在这里驻兵屯田，为后来把治理新疆重心放在天山北部打下了基础。同时，清朝政府治理新疆初年，由于长期战乱，天山以北地区经济破坏比较严重，中国西北边防空虚，沿边地区有被当时清朝政府视为“外藩”的哈萨克、布鲁特等部进入占踞的可能。①另外，也是最重要的，这时侵略野心极大的沙皇俄国已经越过乌拉尔山东进南下，侵入中国西北沿边地区，与清朝政府发生过多次接触，对中国西北边疆地区的威胁已引起清朝政府的关注。为此，清朝政府治理新疆后，改变中国历代中央王朝把治理新疆重心放在天山南部的作法，决定把治理新疆的重心放在天山北部、特别是放在靠近中国西北沿边地区的伊犁地区。
乾隆二十七年(1762)，清朝政府设新疆最高军政长官——将军于伊犁惠远城(称伊犁将军)。遂后，清朝政府从内地调集数万军队携带家眷在这里长期驻防屯田，又从天山南部动员数万维吾尔族农民群众在这里开荒种地，伊犁地区很快成为当时新疆的军政中心和重要的经济中心之一。在这同时，清朝政府又在乌鲁木齐设立地位仅次于伊犁将军的都统(时称乌鲁木齐都统)和塔尔巴哈台参赞大臣，还在乌鲁木齐地区设镇迪道及各州、县机构，从内地迁移大批军民在这些地区驻防屯田，大力进行经济开发建设，不仅初步改变了新疆长期以天山为界、南农北牧的经济模式，使新疆社会经济进入一个全面发展的阶段，而且为把治理重心放在天山北部地区打下了坚实的物质基础，在后来抗击沙俄的侵略扩张中发挥了重要作用。特别是伊犁、塔尔巴哈台(今塔城地区)两地的重点设防，使这里后来成为沙俄侵略势力难以逾越的坚强堡垒。
1840年中国进入近代社会以后，统帅中国军队驱逐外来侵略军、收复新疆，并积极主张新疆建省的左宗棠等人面对新疆区内外已经变化了的政治经济形势，特别是面对沙俄疯狂侵略的严峻现实，更清楚地认识到把治理新疆重心放在天山北部地区的重要性。他说：“新疆地段较远，他族逼处，故土新归，治内治外，事同草创，非规模早定，废坠无自而兴”，“按新疆形势所在，北路则乌鲁木齐，南路则阿克苏，以其能控制全疆，地居天山南北之脊，居高临下，左右伸缩，足以有为也”，提出把新疆最高军政长官设在乌鲁木齐。新疆建省的具体实施者、新疆首任巡抚刘锦棠也认为，新疆历史上北可以制南，而南不可以制北，“新疆大势，南北分歧，总以乌鲁木齐为堂奥，……将来行省议定，扼要建置，当以乌鲁木齐为最”。光绪十年(1884)新疆建省，设省会于乌鲁木齐的迪化城(今乌鲁木齐市)，新疆政治、经济、军事、文化重心更进一步确定在天山北部，并一直延续到今天。
三、治理制度逐渐与全国一致
众所周知，自公元前221年秦始皇统一全国，把所辖地区划分为郡、县等行政区域，由中央政府直接委派官员治理，在全国实行郡县制度以来，在我国二千余年的历史发展中，历代中央王朝政府基本上实行的都是这一政治制度。事实证明，这是一种与封建地主经济发展相适应，有利于中央政府政令推行，有利于国家统一、社会稳定和经济发展的政治制度。
但是，由于种种原因，我国历代中央王朝在治理新疆时，却长期实行的是另一种政治制度——军府制。
军府制度，就是一种以军事管制为主的统治制度，也就是一种军事管制制度。在这种制度下，中央政府派驻新疆的官员多为统兵作战的武职，在新疆的任务也主要是统兵驻防，平时训练屯田，战时出征作战，对地方上、特别是对一些边远民族地区的行
