清朝治理新疆期间，中国西北疆域、特别是伊犁将军治理下的新疆地域发生较大变化是在19世纪中期中国进入近代社会以后。
1840年中国进入近代社会，成为各资本主义列强侵略的对象。沙皇俄国利用地理方面的优势，更是对中国进行疯狂的领土扩张，先后利用军事威胁、外交欺诈等手段，强迫清朝政府与之签订一个又一个不平等的条约，侵吞中国近200万平方公里的土地，其中仅中国西北边疆地区的领土就达70余万平方公里，而这中间大部分又是伊犁将军原治理下的中国新疆地区的领土。光绪十年(1884)五月，中俄两国关于新疆的最后一个边界条约《中俄续勘喀什噶尔界约》签订。十月，新疆正式建省。近代新疆的地域最终确定下来，并一直延续到现在。
二、治理重心逐渐移往天山北部
众所周知，在漫长的历史发展过程中，我国各主要中央王朝大多把治理全国的政治重心放在黄河流域，并有从西向东逐渐转移的趋势，最终使北京成为中国元、明、清三朝的首都京师。这种政治重心的转移，既是中国历史上长期政治、经济、文化等地区之间发展不平衡的结果，更是中国大一统国家历史发展的一种必然趋势，对中国历史的发展、特别是对近代中国各方面的发展曾产生过重要影响。
巍巍天山从东到西把新疆自然地划分为北、南两个在地形地貌、经济模式、民族构成、，文化人我国历代中央王朝治理新疆政策的历史进程文等方面有明显差异的地域。公元前1世纪西汉政府治理西域时，天山南部已经是一个以农业生产为主的地区，当地居民的日常生产、生活多与农业生产有关。农业定居的生产生活方式使这些地区已经出现人口比较集中的城市，因此汉文史籍时称他们为“城郭之国”。在这同时，天山北部地区活动的匈奴、乌孙等部，则皆以游牧为主，日常生产、生活活动都与畜牧业有关。“随畜逐水革”的生产生活方式使他们常年处于流动之中，因此汉文史籍时称他们为“行国”。在以后漫长的历史发展过程中，活动在天山南北各地的居民成分虽然不断发生变化，政权形式也多次发生更迭兴替，但是新疆以天山为界南农北牧的经济模式不仅长期没有发生变化，而且还不断地得到发展。相比之下，天山南部的社会经济发展水平长期略高于天山北部。再加上早期贯通中西经济文化交流的“丝绸之路”也主要经过天山南部。因此，在清朝政府治理新疆之前，中国历代中央王朝政府在治理新疆时都把重心放在天山南部，或首先在天山南部立足发展。西汉政府设西域都护府于乌垒城(今轮台县境)，东汉政府设西域都护府于龟兹(今库车)，都在天山南部。唐朝政府治理新疆后，开始注意对天山北部地区的开发，在高昌(今吐鲁番)设安西都护府(后移至龟兹)后，又设北庭都护府于北庭(今吉木萨尔县)，名义上天山南北并重。但是，从官员配置和驻军数量上看，唐朝政府治理新疆的盈心仍然_在天山南部。唐朝设在西域的著名安西四镇，皆在天山南部，连北庭都护府也曾长期受安西都护府的节制。
随着国内外政治形势的变化和新疆社会经济的发展，最终把治理新疆重心转移到天山北部地区的是清朝。
清朝是以满族为主，满、汉地主阶级联合建立的我国最后一个封建中央王朝。崛起于东北白山黑水之间的满族，长期以狩猎畜牧为主，吃苦耐劳，英勇善战，在治理新疆之前，已经统一蒙古全境，并以此为基地，多次与当时雄踞我国西北的厄鲁特蒙古准噶尔部作战。在统一新疆过程中，与汉、唐等朝政府统一西域首先从天山南部开始不
