为了使贫困家庭的先心病儿童得到及时有效的治疗，早在2006年9月，心外科就与华夏慈善基金会合作，开展贫困先天性心脏病患儿手术治疗项目，是当时西南地区唯一的项目定点医院。
因为救助的患儿手术成功率达到100%，广受患者好评，2011年12月，该项目再次联合心外科推出“爱佑童心•先心病患儿手术救助百千万工程”，计划在2012年～2016年的五年内，为全国200个以上区县的2000名先心病患儿实施手术救治，救助病种包括动脉导管未闭、肺动脉高压、室间隔缺损、房间隔缺损、右室流出道狭窄、肺动脉狭窄、部分肺静脉异位引流、右室双出口、法洛三联症、法洛四联症、部分及完全型心内膜垫缺损等20余种复杂重症先心病，每例受助患儿资助1万～4万元的医疗费用。
他们还与民政部开展的“明天计划”等慈善项目合作，这些项目实施以来，先后让重庆、云南、贵州、四川、湖南、西藏、新疆等地的1800余名孤贫先心病患儿受益，手术成功率达到100%。
